シェルスクリプトは、Linux コマンドを内容として持つテキストファイルです。対応するインタプリタが内容のコマンドを逐次実行します。

UGE のジョブスクリプトはシェルスクリプトで作成することが基本です。ジョブスクリプトにするには、スクリプト内の shebang #! を以下のように書き換える、もしくは、書き換えた行を追加する必要があります。

Bash の場合

書き換える場合

#!/bin/bash → #$ -S /bin/bash

書き加える場合

#!/bin/bash
#$ -S /bin/bash

他のインタプリタの場合

Tcsh の場合

#$ -S /bin/tcsh

Perl の場合

#$ -S /usr/local/package/perl/5.26.1/bin/perl

スクリプト内の #$ コメントは UGE へのオプション指定です

ジョブ発行時のコマンドラインにてインタプリタを指定することも可能です。この場合はジョブスクリプト内に上述の変更を加える必要はありません。またジョブスクリプト内の記述はコマンドラインでの指定にて上書きされます。

$ qsub -S /bin/bash [ジョブスクリプト名]

UGE に用いるシェルスクリプト内では、 #$ で始まる行は UGE へのオプションであると UGE が認識します。

#$ -S /bin/bash
#$ -cwd

ジョブスクリプトの作成の際には、コマンドラインにオプションを書くより上記のようにジョブスクリプトの中に記述することを推奨します。