利用上の注意

このページでは、SHIROKANE を使用する上での基本的な規則を説明しています。

ご利用中は同意いただいた利用規程を遵守してください

SHIROKANE のご利用にあたっては、利用規程に同意をいただいております。またご利用中にはこの規程を遵守してください。利用規程の要約は以下のようなものです。

  • 利用目的以外に使用することのないこと
  • 1 年を超える利用はできません。1 年ごとに利用申請 (継続の利用申請) が必要です
  • 利用による成果が含まれる論文発表には、 HGC のスパコン SHIROKANE を利用した旨を記述してください
  • 一年に一度の頻度で成果物リストを提出いただきます
  • アカウントの管理を怠らず、また他人が使用することが無いこと
  • 利用負担金をお支払いいただきます
  • 尊守いただけない場合には、 SHIROKANE の利用を停止します

こちらは、要約です。利用規程の全文を必ずお読みください。.

センターから送るメールをお読みいただけますか

SHIROKANE サポート係からのお知らせはアカウント申請書にかかれたメールアドレスにお送りいたします。メンテナンス情報、実行中の計算ジョブについての急ぎの連絡などの重要なメールをお送りしますので、このメールを必ずお読みいただける状態にしておいてください。

情報セキュリティポリシー

当センターは、スーパーコンピュータシステム SHIROKANE に関わる情報資産の保護および安全な管理が重要な課題と考えています。情報資産を保護し適切な安全管理措置を講じるため、「情報セキュリティポリシー」を宣言、遵守します。

倫理審査を要する研究への留意

SHIROKANE のシステムにおきまして、ヒトゲノム研究等、倫理審査を要する研究についてのデータ解析等を行う場合には、当該データを HGC スパコンに置き、その解析等を HGC スパコンで行うことに関して、各利用者の責任において (倫理審査申請書にその旨を記載するなど) 各利用者が所属する機関所定の倫理審査機関の了承を得た上で、 SHIROKANE での解析等を実施するようお願いいたします。詳しくは所属機関の倫理審査担当部所にお問い合わせください。

ソフトウェアのインストールおよび使用について

SHIROKANE のシステムにおきまして、各利用者においてソフト等を各自のホームディレクトリにインストールすることができます。

使用するソフトのライセンス規約を厳密に遵守してください。ライセンス料等、料金が発生する場合には、各利用者の責任においてその交渉・支払い等を行ってください。なお、その際に、HGC の Web サイトやスパコン Wiki 等で見つからない SHIROKANE システム関連情報で必要なものがありましたら、 SHIROKANE サポート係までお問い合わせください。

新規インストール申請では、無償ソフトのみのインストールを受け付けています。
ソフトウェアによってはライセンスに利用制限がありますのでご注意ください。特に民間利用の方はご注意ください。

スパコン利用による成果発表について

SHIROKANE の資源を利用して得られた成果発表については、ヒトゲノム解析センターの計算資源を使用したことを、文中や謝辞にて明記してください。以下に例文を挙げますが、文章のつながりから改変することはかまいません。

英文例

  • a. The super-computing resource was provided by Human Genome Center (the Univ. of Tokyo).
  • b. The super-computing resource was provided by Human Genome Center, the Institute of Medical Science, the University of Tokyo.
  • c. The super-computing resource was provided by Human Genome Center (the Univ. of Tokyo)[1].
  • d. The super-computing resource was provided by Human Genome Center, the Institute of Medical Science, the University of Tokyo[1].
  • e. The super-computing resource was provided by Human Genome Center, the Univ. of Tokyo (http://sc.hgc.jp/shirokane.html).
  • f. The super-computing resource was provided by Human Genome Center, the Institute of Medical Science, the University of Tokyo (http://sc.hgc.jp/shirokane.html).
  • [1] http://sc.hgc.jp/shirokane.html

日本文例

  • a. 本研究は、東京大学ヒトゲノム解析センター・スーパーコンピュータを利用しました。
  • b. 本研究は、東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターのスーパーコンピュータを利用しました。
  • c. 本研究は、東京大学ヒトゲノム解析センター・スーパーコンピュータを利用しました [1]。
  • d. 本研究は、東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターのスーパーコンピュータを利用しました [1]。
  • e. 本研究は、東京大学ヒトゲノム解析センター・スーパーコンピュータを利用しました(http://sc.hgc.jp/shirokane.html)。
  • f. 本研究は、東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターのスーパーコンピュータを利用しました(http://sc.hgc.jp/shirokane.html)。
  • [1] http://sc.hgc.jp/shirokane.html

ログインノードの注意事項

ログインノード (slogin.hgc.jp) は、利用者に対するシステムのフロントエンドです。ログインノードでの計算ジョブの実行はお控えください。ログインノードが高負荷になると、他の利用者の作業の妨げになるだけでなく、利用者の皆様がログインできない事態が起こりえます。

SHIROKANE において計算ジョブを実行する際は、バッチジョブシステム (UGE: Univa Grid Engine) の利用が前提となっています。 UGE に計算ジョブの実行を依頼することで、計算ノードで逐次自動実行されます。対話式のプログラムを実行する場合には、 UGE の intr.q をご利用ください。 intr.q はまた計算ジョブのテスト実行にも便利です。

ログインノードは複数あり、 SSH 接続時にいずれかのノードに接続します。

ディスククォータ制限について

SHIROKANE では、ディスククォータ制限を導入し、ユーザが使用できるディスク容量とファイル数を制限しています。ディスククォータ制限は、ユーザごとではなくグループに対して設定しています。

クォータ制限値は、利用コースによります。利用料金の表をご欄ください。

ユーザ毎のディスクの使用状況は以下のコマンドにて表示できます。

[username@slogin1 ~]$ lfs quota -u username /home/username
または、
[username@sc090 ~]$ lfsq

lfs quota コマンドはログインノードで実行できますが、lfsq コマンドはログインノードでは実行できません。lfsq コマンドを使用する場合は qlogin してください。

上限数を超えてファイルを作成しようとすると以下のメッセージが出力されます。

[username@sc090 ~]~ touch testfile
touch: cannot touch `testfile': ディスク使用量制限を超過しました

ディスククォータの上限は、ディスク追加申請により上げることができます。 申請書は「各種申請手続き」のページからダウンロードできます。.

ファイルのバックアップコピー

SHIROKANE に保存したデータは以下の表のディレクトリについてのみバックアップコピーを作成しています。バックアップコピーからリストアするには SHIROKANE サポート係にご連絡ください。

バックアップコピー対象更新頻度説明
ユーザホームのディレクトリの backup ディレクトリ
/home/xxxxx/backup/
月に 1, 2 回程度ホームディレクトリの backup ディレクトリはご自身で作成してください。差分コピーを実施しています。各ユーザ毎に戻せるデータの日時は異なります。お問い合わせください。

上記以外の領域のバックアップコピーは行っていません。バックアップコピーが必要であれば、ユーザ自身で操作してください。

  • /home/xxxxx/backup/ 以外のユーザホームディレクトリはバックアップコピーを作成していません
  • Web サーバ Ent2 のコンテンツデータは、バックアップコピーを作成していません
  • DB (MySQL、 PostgreSQL) は、レプリケーション、dump によるバックアップコピーの作成のいずれもしていません