SHIROKANE では AGEジョブを実行するキューとメモリの使用量を指定をするためにリソースが定義されています。

リソースを指定してジョブを実行する

ジョブリソースは、qsub コマンドqlogin コマンド-l オプションに続けるリソース属性で指定します。, (カンマ) にて区切り、複数を列挙した指定ができます。 または、ジョブスクリプトの中の #$ で始めた行で指定します。

$ qsub -l <リソース属性>[,リソース属性...] [ジョブスクリプト名]

または

...
#$ -l <リソース属性>[,リソース属性...]
...
$ qlogin -l <リソース属性>[,リソース属性...]

SHIROKANE で使うリソース属性

s_vmem<=memory>
ジョブが要求する 1 スロットあたりのメモリ量を指定します。ここで要求されたメモリ量を AGE はジョブの実行のために確保します。メモリ使用量がこの値を超えたジョブAGE によって kill されます。ジョブのメモリサイズの指定 (s_vmem) に詳しい説明があります。mem_req を併用する場合、これと同じ値を指定しなければなりません。
mem_req<=memory>
s_vmem と同じ意味です。過去に存在したリソース属性で、現在使用する場面はありませんが、使用しても問題はありません。 s_vmem を併用する場合、これと同じ値を指定しなければなりません。
ljob
実行時間が長いジョブの場合に指定するリソースです。 キューの ljobs.q を選びます。計算ノード Thin でジョブを実行します。ジョブの実行時間上限が 62 日です。
lmem
大きなメモリを使用するジョブの場合に指定するリソースです。 キューの lmem.q を選びます。TB 単位のメモリがある計算ノード Fatジョブを実行します。ジョブの実行時間上限が 14 日です。
mjob
qsub既定のリソース。キューの mjobs.q を選びます。計算ノード Thinジョブを実行します。ジョブの実行時間上限が 2 日です。
cp
キューの cp.q を選びます。cp キューはファイルのコピー、移動に時間がかかるジョブ専用のキューです。
mjobs_rerun
qsub既定のリソース。キューの mjobs_rerun.q を選びます。計算ノード Thin でジョブを実行します。mjobs.q よりもジョブが実行開始されやすい代わりに、専有キューでジョブの実行開始があると、mjobs_rerun.q キューのジョブリスケジュールされます。
exclusive
qsub既定のリソース。専有キューgroupname.q を選びます。計算ノード Thin でジョブを実行します。専有キューを持つグループのみが使えます。

ShirokaneV から新たに追加されたリソース属性

os6
OS 6 である RHEL Version 6 の計算ノードを選択します。 OS 6 の計算ノードは、すでに存在しません
os7
OS 7 である RHEL Version 7 の計算ノードを選択します。 OS 7 の計算ノードには、 Shirokane5 世代と Shirokane6 世代があります。
v100<=GPU の数>
GPU の NVIDIA Tesla V100 搭載の計算ノードを選択します。-l v100=2 とした場合は、 2 個の GPU を使用する宣言になります。-l v100 としただけでは、エラーとなります。必ず GPU の数を指定してください。 Tesla V100 (GPU) の使い方
a100<=GPU の数>
GPU の NVIDIA A100 搭載の計算ノードを選択します。-l a100=2 とした場合は、 2 個の GPU を使用する宣言になります。-l a100 としただけでは、エラーとなります。必ず GPU の数を指定してください。 NVIDIA A100 (GPU) の使い方
shirokane5
Shirokane5 世代の計算ノードを選択します。
parabricks
Parabricks パイプライン を使用できる計算ノードを選択します。

ShirokaneVI から新たに追加されたリソース属性

arm
計算ノード Arm を選択します。
shirokane6
Shirokane6 世代の計算ノードを選択します。

リソースのデフォルト値

-l オプションでリソースを指定せずに qsub コマンドqlogin コマンドを実行した場合、s_vmem は 2.1G が設定されます。また、 qsub コマンドによってサブミットされたジョブは mjobs.q, ljobs.q, mjobs_rerun.q, 専有キュー のいずれかのキューで実行されます。 (ジョブのメモリ要求量 s_vmem に 192G を超える値を指定した qsub は、-l lmem がない場合にもこれが自動に補完されます。)

リソースの指定例

メモリをスロットあたり 8GB 使用することを宣言し、ジョブを実行させる例です。

$ qsub -l s_vmem=8G [ジョブスクリプト名]

メモリをスロットあたり 8GB 使用することを宣言し、長時間のジョブを実行させる例です。

$ qsub -l s_vmem=8G,ljob [ジョブスクリプト名]

メモリをスロットあたり 192GB 使用することを宣言し、 qlogin する例です。

$ qlogin -l s_vmem=192G

メモリをスロットあたり 1GB だけ使用することを宣言し、RHEL Version 7 の計算ノードでジョブを実行させる例です。

$ qsub -l s_vmem=1G,os7 [ジョブスクリプト名]

RHEL Version 7 の計算ノードに qlogin する例です。

$ qlogin -l os7