SHIROKANE では UGEジョブを実行するキューとメモリの使用量を指定をするためにリソースが定義されています。

リソースを指定してジョブを実行する

ジョブリソースは、qsub コマンドqlogin コマンド-l オプションに続けるリソース属性で指定します。, (カンマ) にて区切り、複数を列挙した指定ができます。 または、ジョブスクリプトの中の #$ で始めた行で指定します。

$ qsub -l <リソース属性>[,リソース属性...] [ジョブスクリプト名]

または

...
#$ -l <リソース属性>[,リソース属性...]
...
$ qlogin -l <リソース属性>[,リソース属性...]

SHIROKANE で使うリソース属性

s_vmem<=memory>
ジョブが要求するメモリ量を指定します。ここで要求されたメモリ量を UGE はジョブの実行のために確保します。メモリ使用量がこの値を超えたジョブUGE によって kill されます。mem_req を併用する場合、これと同じ値を指定しなければなりません。
mem_req<=memory>
過去に存在したリソース属性で、現在使用する場面はありませんが、使用しても問題はありません。ジョブが要求するメモリ量を指定します。ここで要求されたメモリ量を UGE はジョブの実行のために確保します。メモリ使用量がこの値を超えたジョブUGE によって kill されます。s_vmem を併用する場合、これと同じ値を指定しなければなりません。
ljob
実行時間が長いジョブの場合に指定するリソースです。 キューの ljobs.q を選びます。計算ノード Thin でジョブを実行します。ジョブの実行時間上限が 62 日です。
lmem
大きなメモリを使用するジョブの場合に指定するリソースです。 キューの lmem.q を選びます。TB 単位のメモリがある計算ノード Fatジョブを実行します。ジョブの実行時間上限が 14 日です。
mjob
qsub既定のリソース。キューの mjobs.q を選びます。計算ノード Thinジョブを実行します。ジョブの実行時間上限が 2 日です。
cp
キューの cp.q を選びます。cp キューはアーカイブディスク等へのファイルのコピー、移動に時間がかかるジョブ専用のキューです。 qrecall コマンドでも使用されるキューです。
mjobs_rerun
qsub既定のリソース。キューの mjobs_rerun.q を選びます。計算ノード Thin でジョブを実行します。mjobs.q よりもジョブが実行開始されやすい代わりに、専有キューでジョブの実行開始があると、mjobs_rerun.q キューのジョブリスケジュールされます。
exclusive
qsub既定のリソース。専有キューgroupname.q を選びます。計算ノード Thin でジョブを実行します。専有キューを持つグループのみが使えます。

ShirokaneIV から追加されたリソース属性

knl
Xeon Phi 7210 搭載ノードでジョブを実行します。このノードは、キューの knl.q に対応します。 Xeon Phi 7210 の使い方
gpu
NVIDIA Tesla K80 搭載ノードでジョブを実行します。 Tesla K80 (GPU) の使い方

ShirokaneV から新たに追加されたリソース属性

os6
OS 6 である RHEL Version 6 の計算ノードを選択します。 OS 6 の計算ノードは、すでに存在しません
os7
OS 7 である RHEL Version 7 の計算ノードを選択します。 OS 7 の計算ノードには、 Shirokane4 世代と Shirokane5 世代があります。
v100<=GPU の数>
GPU の NVIDIA Tesla V100 搭載の計算ノードを選択します。-l v100=2 とした場合は、 2 個の GPU を使用する宣言になります。-l v100 としただけでは、エラーとなります。必ず GPU の数を指定してください。 Tesla V100 (GPU) の使い方
shirokane5
Shirokane5 世代の計算ノードを選択します。この計算ノードはすべて OS 7 です。
parabricks
Parabricks パイプライン を使用できる計算ノードを選択します。

リソースのデフォルト値

-l オプションでリソースを指定せずに qsub コマンドqlogin コマンドを実行した場合、s_vmem は 4.5G が設定されます。また、 qsub コマンドによってサブミットされたジョブは mjobs.q, ljobs.q, mjobs_rerun.q, 専有キュー のいずれかのキューで実行されます。 (ジョブのメモリ要求量 s_vmem に 192G を超える値を指定した qsub は、-l lmem がない場合にもこれが自動に補完されます。)

リソースの指定例

メモリをスロットあたり 8GB 使用することを宣言し、ジョブを実行させる例です。

$ qsub -l s_vmem=8G [ジョブスクリプト名]

メモリをスロットあたり 8GB 使用することを宣言し、長時間のジョブを実行させる例です。

$ qsub -l s_vmem=8G,ljob [ジョブスクリプト名]

メモリをスロットあたり 192GB 使用することを宣言し、 qlogin する例です。

$ qlogin -l s_vmem=192G

メモリをスロットあたり 1GB だけ使用することを宣言し、RHEL Version 7 の計算ノードでジョブを実行させる例です。

$ qsub -l s_vmem=1G,os7 [ジョブスクリプト名]

RHEL Version 7 の計算ノードに qlogin する例です。

$ qlogin -l os7