今回はヒトゲノム解析センターの SHIROKANE に導入している plocate コマンドを紹介します。 plocate コマンドとは 2022 年 4 月に導入した plocate コマンドは、 SHIROKANE に存在する数多くのファイルから利用者がアクセスできるファイルを瞬時に検索することができます。plocate コマンドは、SHIROKANE のホームディスクおよびアーカイブディスクにあるファイルを、ファイル名やファイルパスに含まれる文字列をキーにして検索するツールです。検索結果には検索文字列を含むディレクトリにあるファイルも含まれます。ホームディレクトリ以外に存在する自身がアクセスできるファイルも含まれます。plocate コマンドは、ファイル名やファイルパスに含まれる文字列でしか検索を行わず、検索結果に表示されるファイルは、実行したユーザが ls コマンドにて存在を確かめることができるものに限られます。「含まれる文字列」以外での検索、例えば、自身が所有者となっているファイルを検索するというようなことはできません。 plocate コマンドの最大の特長は検索が高速であることです。このコマンドの検索は、ホームディスクやアーカイブディスクに対しておこわなれるものではなく、ファイルのメタデータを収集したデータベースを対象に実行されます。このため、待ち時間なく検索結果が表示されます。ただし、データベースに登録されていないファイルは登録されるまで検索ができません。 SHIROKANE では毎週土曜日にデータベース更新を行っていますので、最大で直近の 1 週間以内に作成したファイルは検索結果に含まれないことになります。 plocate コマンドの SHIROKANE 利用者向けの情報は次のアドレスです。https://supcom.hgc.jp/internal/mediawiki/id/1656 SHIROKANE での plocate コマンドの仕組み...

ヒトゲノム解析センターでは、Shirokane6 から部分的に Arm アーキテクチャ CPU の計算ノードを導入しています。 Arm アーキテクチャ CPU は、AMD や Intel が作るメジャーな CPU よりも比較的コア数が多く、電力効率が良い (省電力) ことが特徴の CPU で、富岳スパコンが Arm アーキテクチャ CPU を採用したことでも注目を浴びました。 近年、ユーザ数が急激に増加している SHIROKANE では全体の CPU コア数の確保が課題になっており、多くのコアを省電力で稼働できる Arm アーキテクチャ CPU を搭載したサーバを Shirokane6 で導入していました。...