SHIROKANE, the supercomputer at Human Genome Center
7 月 10 日 12 時 00 分 から実施しておりましたメンテナンスが、7 月 13 日 12 時 00 分 に終了しました。 ご協力ありがとうございました。 当センターのサービスをご利用いただき、ありがとうございます。 アーカイブディスクのキャッシュエリアに空きを作るため、アーカイブディスクのサービスを停止し、キャッシュエリアのデータをテープエリアへ移します。 サービスの停止は以下の日程で行います。 2026 年 7 月 10 日 12:00 ～ 13 日 12:00 (予定) リコールを実施しているジョブを削除します...
7 月 10 日 12 時 00 分 から実施しておりましたメンテナンスが、7 月 13 日 12 時 00 分 に終了しました。 ご協力ありがとうございました。 当センターのサービスをご利用いただき、ありがとうございます。 アーカイブディスクのキャッシュエリアに空きを作るため、アーカイブディスクのサービスを停止し、キャッシュエリアのデータをテープエリアへ移します。 サービスの停止は以下の日程で行います。 2026 年 7 月 10 日 12:00 ～ 13 日 12:00 (予定) リコールを実施しているジョブを削除します...
6 月 12 日 12 時 00 分 から実施しておりましたメンテナンスが、6 月 15 日 12 時 00 分 に終了しました。 ご協力ありがとうございました。 当センターのサービスをご利用いただき、ありがとうございます。 アーカイブディスクのキャッシュエリアに空きを作るため、アーカイブディスクのサービスを停止し、キャッシュエリアのデータをテープエリアへ移します。 サービスの停止は以下の日程で行います。 2026 年 6 月 12 日 12:00 ～ 15 日 12:00 (予定) リコールを実施しているジョブを削除します...
2026/5/8 (金) 10:00 より実施しておりました SHIROKANE のメンテナンス作業は、16:00 に終了いたしました。 本メンテナンスは、重要な脆弱性への早急な対応が必要となったため、臨時に実施いたしました。 利用者の皆様には、急なメンテナンス実施により、ご不便・ご迷惑をお掛けしましたことをお詫び申し上げます。ご理解・ご協力いただき、誠にありがとうございました。
SHIROKANE ホームディスクをご利用の皆様、日頃から大量のデータを扱われる中で、 ホームディスクのファイル数が増えすぎてはいませんか？ 数の多いファイルは、システム全体の負荷につながるだけでなく、 ご自身の作業効率を低下させます。 ファイル数には上限があります SHIROKANE のホームディスクでは、グループごとにディスク容量だけでなく、 作成可能なファイル/ディレクトリ数 (i-node 数) にも上限が設定されています。 上限に達すると、ディスク容量に空きがあっても新しいファイルの作成や書き込みができなくなります。 解析ジョブが途中でエラー終了する原因となりますので、日頃からファイル数を意識した整理が重要です。 なお、コース契約やオプション契約によっては、アーカイブディスクにデータを移動させることも可能です。 参考: アーカイブディスクについて 大量の小ファイルによるシステム負荷と作業効率への影響 SHIROKANE のホームディスクで採用されている Lustre ファイルシステムでは、 1 つのディレクトリに 5,000 ファイル以上あることは、 ファイル管理情報 (メタデータ) の処理に過度な負荷をかけることになり、推奨されません。 大量の小さなファイルに対して検索や一覧表示を行うと、メタデータサーバーへの通信が増大し、ファイルシステム全体の性能低下を招きます。 例えば ls -la の実行時間は、1,000 ファイルであれば 1...
3 月 16 日 9 時 00 分 から実施しておりました計画停止作業は、3 月 23 日 14 時 30 分 にすべて終了いたしました。 ご協力ありがとうございました。 当センターのサービスを日頃ご利用くださり、ありがとうございます。 下記の日程にて、HGC の計算機システム SHIROKANE を停止しての作業を行います。この期間は、すべてのサービスを停止します。 計画停止の日程: 3 月 16 日 (月) 9:00 ～ 23 日 (月) 18:00...
運用期間: 2026 年 4 月 ～ (運用中) ディスク容量 41 PB を有する高速・大容量なディスク領域です。1 ファイルシステムあたり、600,000 回/秒以上のファイル作成処理能力を有します。 構成名 ホームディスク 機種名 MDS/MDT, DDN ES400NVX2 × 2; OSS/OST, DDN ES400NVX2 × 6; DDN SS9024 Enclosure × 24 ファイルシステム数 1 合計容量...
運用期間: 2026 年 4 月 ～ (運用中) 96 CPU コアの Intel Xeon 6966P-C を 2 基 (合計 192 CPU コア)、768 GB のメモリを搭載した計算ノード群です。計 27 ノードで構成されます。OS は RedHat Enterprise Linux 9 系です。 構成名 計算ノード Thin ノード数...
運用期間: 2026 年 4 月 ～ (運用中) 1 ノードあたり 1,536 GB のメモリに 48 CPU コアの Intel Xeon Platinum 8558 を 2 基 (合計 96 CPU コア) と NVIDIA L4 を 8 基搭載した、計 8 ノードで構成される計算ノード群です。...
運用期間: 2026 年 4 月 ～ (運用中) 24 CPU コアの Intel Xeon Gold 6542Y を 2 基 (合計 48 CPU コア)、1,024 GB のメモリを搭載した計算ノード群です。計 10 ノードで構成されます。OS は RedHat Enterprise Linux 9 系です。 構成名 わくわくサーバ ノード数...
2 月 12 日 9 時 00 分 から実施しておりました定期点検作業が、2 月 17 日 17 時 20 分 にすべて終了しましたことをご連絡いたします。 点検時間が延長となり、ご不便をおかけしました。ご協力ありがとうございました。 当センターのサービスを日頃ご利用くださり、ありがとうございます。 下記の日程にて、HGC の計算機システム SHIROKANE を停止しての作業を 2 月と 3 月に 2 回行います。この期間は、すべてのサービスを停止します。 1 回目: 2 月 12 日...
12 月 27 日 土曜日から 1 月 4 日 日曜日まで SHIROKANE サポート係はお休みをいただきます。 また、本日以降の申請・お問い合わせ等は、年明けの対応になりますことをご了承ください。
運用期間: 2026 年 4 月 ～ 2030 年 3 月 (予定) 2026 年 4 月から、データサイエンスコンピューティングシステム Shirokane8 の運用を開始します。 Shirokane8 は、最新の Intel CPU を搭載した高速な処理性能を備えているほか、 GPGPU に NVIDIA L4 を採用します。また、41.0 PB の大容量ホームディスクを備えています。 システム構成 計算ノード Thin: 96 CPU...
