SHIROKANE, the supercomputer at Human Genome Center
ヒトゲノム解析センターでは、ARM64 アーキテクチャの CPU を搭載するサーバとして計算ノード Arm を導入しています。計算ノード Arm は、SHIROKANE の主要な計算ノードである計算ノード Thin よりも 1 ノードあたりのコア数が多いというメリットがある一方、利用可能なソフトウェア数は計算ノード Thin に劣ります。今回は計算ノード Arm の利用環境を計算ノード Thin に近づけることを目的に、Box64 を利用して計算ノード Arm で利用可能なソフトウェア数を増やす取り組みを行いました。 Box64 Box64 とは、主に ARM64 システム上で x86_64 バイナリを実行するためのエミュレータです。x86_64 命令を ARM64 命令へ変換する機能や、ARM64 のライブラリを x86_64...
日頃から SHIROKANE をご利用いただき、ありがとうございます。SHIROKANE が接続している SINET6 のメンテナンスのため、SHIROKANE とインターネット間の通信が停止します。以下の時間帯で 15 分程度の通信断が 2 回発生します。 2024 年 6 月 22 日 (土) 午前 4:30 – 6:00 通信停止中は、インターネットから SHIROKANE にログインできません。インターネットと通信しない AGE ジョブへの影響はありません。 以上、ご迷惑をお掛けしますが、ログイン時刻の調整をお願いいたします。
5 月 20 日 10 時 00 分 から実施しておりました臨時メンテナンスは 5 月 20 日 12 時 00 分に終了いたしました。 ご協力ありがとうございました。 当センターのサービスを日頃ご利用くださり、ありがとうございます。 下記の日程で SHIROKANE の NoMachine Terminal Server および sutil.hgc.jp を停止します。 5 月 20 日 (月) 10:00...
4 月 12 日 18 時 00 分 から実施しておりました臨時メンテナンスは 4 月 12 日 18 時 50 分に終了いたしました。 ご協力ありがとうございました。 当センターのサービスを日頃ご利用くださり、ありがとうございます。 下記の日程で SHIROKANE の NoMachine Terminal Server の臨時メンテナンスのため snx1.hgc.jp を停止します。 2024 年 4 月 12 日...
ヒトゲノム解析センターは 4 月 1 日に新しい解析基盤である Shirokane7 を稼働し、運用を開始しました。5 年間にわたり運用してきた Shirokane5 の多くの計算サーバは役目を終え、SHIROKANE は主に Shirokane6 と Shirokane7 の構成で運用していきます。 本日は期待の高まる Shirokane7 の特徴とともに、普段から SHIROKANE を支えるサポート係の稼働に向けた様子をご紹介します。 Shirokane7 を稼働しました Shirokane7 の主要な計算ノード (計算ノード Thin) は、最新世代の AMD CPU を採用しており、Shirokane5 と比較すると バイオツールの実行時間が約 30 〜...
3 月 18 日 9 時 00 分 から実施しておりました定期点検作業は、3 月 22 日 17 時 25 分 にすべて終了いたしました。 ご協力ありがとうございました。 また、本日から Shirokane7 の運用を開始しました。 当センターのサービスを日頃ご利用くださり、ありがとうございます。 下記の日程にて、HGC の計算機システム SHIROKANE の定期点検を行います。定期点検の期間は、すべてのサービスを停止します。 定期点検の日程: 3 月 18 日 (月) 9:00 ～...
2 月 15 日 9 時 00 分 から実施しておりました定期点検作業は、2 月 19 日 18 時 00 分 に終了したことをご連絡いたします。ご協力ありがとうございました。 計算ノード Windows のメンテナンスが 2 月 21 日 21 時 30 分に終了したことをご連絡いたします。 ご協力ありがとうございました。 なお、3 月 4 日 9...
12 月 29 日 金曜日から 1 月 3 日 水曜日まで SHIROKANE サポート係はお休みをいただきます。 また、本日以降の申請・お問い合わせ等は、年明けの対応になりますことをご了承ください。
ヒトゲノム解析センターでは、2024 年 4 月から稼働開始予定の Shirokane7 計算ノード Thin で、最新の AMD CPU を搭載したサーバを導入します。 導入にあたり、伝統あるツール実行時の性能を、Shirokane 6 以前の 計算ノード Thin のサーバと比較しました。 各世代のスペック SHIROKANE の各世代の計算ノード Thin のスペックは以下のとおりです。 世代 CPU メモリ Shirokane5 Intel Xeon Gold 6154 18 core × 2...
運用期間: 2024 年 4 月 ～ (予定) データベースを動かすためのサーバです。 構成名 DB サーバ ノード数 2 機種名 GIGABYTE R163-Z30-AAB1 CPU/node AMD EPYC 9224 2.5 GHz (24 CPU cores) × 1 Memory/node 64 GB ディスク容量 7.68 TB ×...
運用期間: 2024 年 4 月 ～ (予定) Web サービスを提供するためのサーバです。 構成名 Web サーバ ノード数 2 機種名 GIGABYTE R163-Z30-AAB1 CPU/node AMD EPYC 9224 2.5 GHz (24 CPU cores) × 1 Memory/node 64 GB ホスト名プレフィックス (予定)
運用期間: 2024 年 4 月 ～ (予定) 24 CPU コアの AMD EPYC 9224 2.5 GHz 1 基 (合計 24 CPU コア)、64 GB のメモリを搭載し、Windows 依存の解析ソフトを実行するための計算ノードです。 構成名 計算ノード Windows ノード数 2 機種名 GIGABYTE R163-Z30-AAB1 CPU/node AMD...
運用期間: 2024 年 4 月 ～ 2024 年 4 月から、データサイエンスコンピューティングシステム Shirokane7 の運用を開始予定です。 Shirokane7 は、最新の AMD CPU や ARM CPU を搭載した高速な処理性能を備えてるほか、 GPGPU に NVIDIA H100 を採用します。また、アーカイブディスクのテープ領域機器を刷新し長期間安定してデータを保存できる環境を提供します。 システム構成 計算ノード Thin: 96 CPU コアの AMD EPYC 9654...
