ソフトウェア一覧
計算ノードのローカルディスクにインストールされているソフトウェアとそのバージョンの一覧は、module コマンドで表示します。
計算ノードへログイン後に一度、 $ module use /usr/local/package/modulefiles/ を実行します。 (参考: インストールしてある解析ツールを使うときの module use)
$ module use /usr/local/package/modulefiles/
以降、 $ module avail で、インストールされているソフトウェアとバージョンを見ることができます。
$ module avail ------------------------------- /usr/local/package/modulefiles ------------------------------- R/3.5 haskell/8.4.3(default) php/7.2 R/3.5.0(default) hdf5/1.10.5(default) php/7.2.13(default) R/3.5.0-icc hisat/2.1.0(default) phylip/3.697(default) R/3.6 hmmer/3.2.1(default) phyx/0.999(default) R/3.6.0 igblast/1.11.0(default) picard/2.18.16(default) R/3.6.0-icc jags/4.3.0(default) postgresql/10.6(default) abyss/2.1.2(default) java/1.6.0_45 prank/170427(default) ambertools/18(default) java/1.7.0_80 prodigal/2.6.3(default) ant/1.10.5(default) java/1.8.0_181 protobuf/3.6.1(default) ant/1.9.13 java/10 python/2.7 arcs/1.0.5(default) java/10_2018-03-20(default) python/2.7.15 augustus/3.3.2(default) java/11 python/3.6 bamtools/2.5.1(default) java/11_2018-09-25 python/3.6.5(default) bcl2fastq/1.8.4 java/12 r/3.5 bcl2fastq/2.20.0.422(default) java/12_2019-03-19 r/3.5.0(default) bedtools/2.27.1(default) java/13 r/3.5.0-icc blast/2.2.26(default) java/13_2019-09-17 r/3.6 blast+/2.7.1 java/6 r/3.6.0 blast+/2.9.0(default) java/7 r/3.6.0-icc boost/1.44.0 java/8 raster3d/3.0.3(default) boost/1.67.0(default) jellyfish/2.2.10(default) raxml/8.2.12(default) bowtie/1.2.2 julia/1.0.1(default) rstudio/1.1.463 bowtie/2.3.4.3(default) kart/2.4.7(default) rstudio/1.2.5019(default) bwa/0.7.17(default) llvm/7.0.0(default) ruby/2.1 canu/1.8(default) lobstr/4.0.6(default) ruby/2.1.5 cap3/150210(default) lua/5.3 ruby/2.5 cd-hit/4.6.8(default) lua/5.3.5(default) ruby/2.5.1(default) circos/0.69-6(default) mafft/7.407 salmon/0.11.3 clustalw/2.1(default) mafft/7.427(default) salmon/1.2.1(default) cufflinks/2.2.1(default) mcl/14-137(default) samtools/0.1.20 cytoscape/3.7.0(default) mcr/9.5 samtools/1.9(default) dart/1.3.3(default) mcr/9.6(default) singularity/2.6.1 diamond/0.9.23(default) megahit/1.1.3(default) singularity/3.2.1(default) drompa/3.5.0(default) meme/5.0.2 snpeff/4.3t(default) emboss/6.6.0(default) meme/5.0.5(default) soapdenovo/2.04(default) exonerate/2.2.0(default) minimap/2.17(default) spades/3.13.0(default) express/1.5.1(default) mmseqs/6-f5a1c(default) sra-toolkit/2.10.2 fasta/36.3.8g(default) mongodb/3.6.9 sra-toolkit/2.10.4(default) fastqc/0.11.8(default) mongodb/4.0.4(default) sra-toolkit/2.9.2 fasttree/2.1.10(default) mpich/3.2.1(default) star/2.6.1c(default) fastx-toolkit/0.0.13(default) mummer/3.9.4(default) stringtie/1.3.4d(default) fileutils/0.10(default) mysql/5.7.24(default) sundials/2.7.0(default) freebayes/1.2.0(default) nano/4 tophat/2.1.1(default) gcc/4.6.4 nano/4.4(default) trf/4.09(default) gcc/7.2.0 ncbi-cxx-toolkit/21.0.0(default) trinity/2.8.4(default) gcc/7.3.0(default) nodejs/12.3.1(default) vcftools/0.1.16(default) gdal/2.4.2(default) octave/4.4.1(default) velvet/1.2.10(default) git/2.20.0(default) opencv/4.0.0(default) vips/8.7.1(default) gmap/2018-07-04(default) openmpi/3.1.0(default) virtuoso/7.2.5(default) go/1.10.3(default) openmpi/3.1.0-icc vsearch/2.9.1(default) gromacs/2018.1(default) perl/5.26.1(default) ------------------------------- /usr/share/Modules/modulefiles ------------------------------- dot module-git module-info modules null use.own -------------------------------------- /etc/modulefiles -------------------------------------- R/3.5 java/1.7.0_80 mysql/5.7.24(default) R/3.5.0(default) java/1.8.0_181 nano/4 R/3.5.0-icc java/10 nano/4.4(default) R/3.6 java/10_2018-03-20(default) octave/4.4.1(default) R/3.6.0 java/11 openmpi/3.1.0(default) R/3.6.0-icc java/11_2018-09-25 openmpi/3.1.0-icc ant/1.10.5(default) java/12 os_major_version ant/1.9.13 java/12_2019-03-19 perl/5.26.1(default) foundation java/13 postgresql/10.6(default) gcc/4.6.4 java/13_2019-09-17 protobuf/3.6.1(default) gcc/7.2.0 java/6 python/2.7 gcc/7.3.0(default) java/7 python/2.7.15 git/2.20.0(default) java/8 python/3.6 go/1.10.3(default) llvm/7.0.0(default) python/3.6.5(default) haskell/8.4.3(default) lua/5.3 ruby/2.1 hgc lua/5.3.5(default) ruby/2.1.5 intelcompiler/16.0.3 mongodb/3.6.9 ruby/2.5 intelcompiler/18.0.3(default) mongodb/4.0.4(default) ruby/2.5.1(default) java/1.6.0_45 mpich/3.2.1(default) virtuoso/7.2.5(default) $
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環境変数の設定
ここで一覧されるソフトウェアを使用する場合には、多くのソフトウェアは環境変数を設定する必要があります。環境変数を設定する方法は、export コマンドまたは setenv コマンドで環境変数を定義する方法と module コマンドで環境変数を設定する方法があります。
SHIROKANE では、module コマンド で環境変数を設定する方法を推奨しています。
例えば、上の一覧にある fastqc というソフトウェアを使用する場合は、次のようにします。(作業している計算ノードへのログインから一度も $ module use /usr/local/package/modulefiles/ を実行していなければ、これを先に実行してください。)
$ module load fastqc
これにより fastqc のための環境変数が整い、 fastqc を実行できるようになります。
関連
- ソフトウェアインストール方針 OS 7
- ソフトウェアのインストールパス
- インストールされていないソフトウェアのインストール
- インストールされているソフトウェアのバージョンアップ申請