ソフトウェア一覧

計算ノードローカルディスクにインストールされているソフトウェアとそのバージョンの一覧は、module コマンドで表示します。

計算ノードへログイン後に一度、 $ module use /usr/local/package/modulefiles/ を実行します。 (参考: インストールしてある解析ツールを使うときの module use)

$ module use /usr/local/package/modulefiles/

以降、 $ module avail で、インストールされているソフトウェアとバージョンを見ることができます。

$ module avail

-------------------------------------------------- /usr/local/package/modulefiles/ --------------------------------------------------
R/3.5                            fasttree/2.1.10(default)         meme/5.0.2                       r/4.2
R/3.5.0(default)                 fastx-toolkit/0.0.13(default)    meme/5.0.5(default)              r/4.2.1
R/3.5.0-icc                      fileutils/0.10(default)          meme/5.5.4                       r/4.2.1-icc
R/3.6                            freebayes/1.2.0(default)         minimap/2.17(default)            r/4.2.2
R/3.6.0                          gatk/4.2.3.0                     mmseqs/6-f5a1c(default)          r/4.2.3
R/3.6.0-icc                      gcc/10.2.0                       mongodb/3.6.9                    r/4.3
R/4.0                            gcc/4.6.4                        mongodb/4.0.4(default)           r/4.3.0
R/4.0.2                          gcc/6.5.0                        mpich/3.2.1(default)             raster3d/3.0.3(default)
R/4.0.2-icc                      gcc/7.2.0                        mpifileutils/0.11(default)       raxml/8.2.12(default)
R/4.1                            gcc/7.3.0(default)               mummer/3.9.4(default)            rclone/1.53.3
R/4.1.0                          gcc/9.3.0                        mysql/5.7.24(default)            rclone/1.53.4
R/4.1.0-icc                      gdal/2.4.2(default)              nano/4                           rclone/1.64.2(default)
R/4.2                            gdal/3.3.2                       nano/4.4(default)                repeatmasker/4.1.0(default)
R/4.2.1                          gdb/9.2(default)                 ncbi-cxx-toolkit/21.0.0(default) rstudio/1.1.463
R/4.2.1-icc                      geos/3.9.1                       nodejs/12.3.1(default)           rstudio/1.2.5019
R/4.2.2                          git/2.20.0(default)              octave/4.4.1(default)            rstudio/1.4.1717(default)
R/4.2.3                          gmap/2018-07-04(default)         opencv/4.0.0(default)            rstudio/2022.07.1+554
R/4.3                            go/1.10.3(default)               openmpi/3.1.0                    rstudio/2023.06.1+524
R/4.3.0                          go/1.15.6                        openmpi/3.1.0-icc                ruby/2.1
abyss/2.1.2(default)             go/1.21.1                        openmpi/4.0.5                    ruby/2.1.5
ambertools/18                    gromacs/2018.1(default)          openmpi/4.0.5-icc                ruby/2.5
ambertools/23(default)           gromacs/2021.5                   openmpi/4.1.0(default)           ruby/2.5.1(default)
ant/1.10.5(default)              gromacs/2022                     openmpi/4.1.0-icc                ruby/3.1
ant/1.9.13                       haskell/8.4.3(default)           openmpi/4.1.2                    ruby/3.1.4
apptainer/1.2.3(default)         hdf5/1.10.5(default)             openmpi/4.1.2-icc                salmon/0.11.3
arcs/1.0.5(default)              hdf5/1.12.2                      openssl/1.1.1o(default)          salmon/1.2.1(default)
augustus/3.3.2(default)          hisat/2.1.0(default)             perl/5.26.1(default)             salmon2/2.2.0(default)
bamtools/2.5.1(default)          hmmer/3.2.1(default)             php/7.2                          samtools/0.1.20
bazel/3.5.0(default)             igblast/1.11.0(default)          php/7.2.13(default)              samtools/1.15.1(default)
bcl2fastq/1.8.4                  jags/4.3.0(default)              phylip/3.697(default)            samtools/1.9
bcl2fastq/2.20.0.422(default)    java/1.6.0_45                    phyx/0.999(default)              singularity/2.6.1
bedtools/2.27.1(default)         java/1.7.0_80                    picard/2.18.16                   singularity/3.2.1(default)
bedtools/2.30.0                  java/1.8.0_181                   picard/2.25.0(default)           singularity/3.5.2
biobambam/2.0.146(default)       java/10                          postgresql/10.6(default)         singularity/3.5.3
blast/2.2.26(default)            java/10_2018-03-20(default)      prank/170427(default)            singularity/3.6.4
blast+/2.7.1                     java/11                          procmail/3.22(default)           singularity/3.7.0
blast+/2.9.0(default)            java/11_2018-09-25               prodigal/2.6.3(default)          singularity/3.7.3
boost/1.44.0                     java/12                          proj/8.1.1                       snpeff/4.3t(default)
boost/1.67.0                     java/12_2019-03-19               protobuf/3.6.1(default)          soapdenovo/2.04(default)
boost/1.74.0(default)            java/13                          python/2.7                       spades/3.13.0
bowtie/1.2.2                     java/13_2019-09-17               python/2.7.15                    spades/3.15.5(default)
bowtie/2.3.4.3(default)          java/6                           python/3.10                      sqlite3/3.36.0
bwa/0.7.17(default)              java/7                           python/3.10.1                    sra-toolkit/2.10.2
canu/1.8(default)                java/8                           python/3.10.5                    sra-toolkit/2.10.4(default)
cap3/150210(default)             jellyfish/2.2.10(default)        python/3.6                       sra-toolkit/2.9.2
cd-hit/4.6.8(default)            julia/1.0.1(default)             python/3.6.5(default)            star/2.6.1c(default)
circos/0.69-6(default)           kart/2.4.7(default)              python/3.8                       stringtie/1.3.4d(default)
clustalw/2.1(default)            libreoffice/7.1.0.3(default)     python/3.8.5                     sundials/2.7.0(default)
cufflinks/2.2.1(default)         llvm/7.0.0(default)              r/3.5                            tophat/2.1.1(default)
cytoscape/3.7.0(default)         lobstr/4.0.6(default)            r/3.5.0(default)                 trf/4.09(default)
dart/1.3.3(default)              lua/5.1                          r/3.5.0-icc                      trinity/2.13.2(default)
diamond/0.9.23(default)          lua/5.1.5                        r/3.6                            trinity/2.8.4
drompa/3.5.0(default)            lua/5.3                          r/3.6.0                          vcftools/0.1.16(default)
emboss/6.6.0(default)            lua/5.3.5(default)               r/3.6.0-icc                      velvet/1.2.10(default)
exonerate/2.2.0(default)         mafft/7.407                      r/4.0                            vips/8.7.1(default)
express/1.5.1(default)           mafft/7.427(default)             r/4.0.2                          virtuoso/7.2.5(default)
fasta/36.3.8g(default)           mcl/14-137(default)              r/4.0.2-icc                      vsearch/2.9.1(default)
fastp/0.20.1(default)            mcr/9.5                          r/4.1                            wget/1.21.3(default)
fastqc/0.11.8                    mcr/9.6(default)                 r/4.1.0
fastqc/0.11.9(default)           megahit/1.1.3(default)           r/4.1.0-icc

-------------------------------------------------- /usr/share/Modules/modulefiles ---------------------------------------------------
dot         module-git  module-info modules     null        use.own

--------------------------------------------------------- /etc/modulefiles ----------------------------------------------------------
R/3.5                         gcc/4.6.4                     java/13_2019-09-17            os_arch
R/3.5.0(default)              gcc/6.5.0                     java/6                        os_major_version
R/3.5.0-icc                   gcc/7.2.0                     java/7                        perl/5.26.1(default)
R/3.6                         gcc/7.3.0(default)            java/8                        postgresql/10.6(default)
R/3.6.0                       gcc/9.3.0                     llvm/7.0.0(default)           protobuf/3.6.1(default)
R/3.6.0-icc                   gdb/9.2(default)              lua/5.1                       python/2.7
R/4.0                         git/2.20.0(default)           lua/5.1.5                     python/2.7.15
R/4.0.2                       go/1.10.3(default)            lua/5.3                       python/3.10
R/4.0.2-icc                   go/1.15.6                     lua/5.3.5(default)            python/3.10.1
R/4.1                         go/1.21.1                     mongodb/3.6.9                 python/3.10.5
R/4.1.0                       haskell/8.4.3(default)        mongodb/4.0.4(default)        python/3.6
R/4.1.0-icc                   hgc                           mpich/3.2.1(default)          python/3.6.5(default)
R/4.2                         intelcompiler/16.0.3          mysql/5.7.24(default)         python/3.8
R/4.2.1                       intelcompiler/18.0.3(default) nano/4                        python/3.8.5
R/4.2.1-icc                   java/1.6.0_45                 nano/4.4(default)             ruby/2.1
R/4.2.2                       java/1.7.0_80                 octave/4.4.1(default)         ruby/2.1.5
R/4.2.3                       java/1.8.0_181                openmpi/3.1.0                 ruby/2.5
R/4.3                         java/10                       openmpi/3.1.0-icc             ruby/2.5.1(default)
R/4.3.0                       java/10_2018-03-20(default)   openmpi/4.0.5                 ruby/3.1
ant/1.10.5(default)           java/11                       openmpi/4.0.5-icc             ruby/3.1.4
ant/1.9.13                    java/11_2018-09-25            openmpi/4.1.0(default)        virtuoso/7.2.5(default)
default-hgc                   java/12                       openmpi/4.1.0-icc             wget/1.21.3(default)
foundation                    java/12_2019-03-19            openmpi/4.1.2
gcc/10.2.0                    java/13                       openmpi/4.1.2-icc
$ 
  • 最新の情報は SHIROKANE にログインし、 $ module avail を実行して得てください。

環境変数の設定

ここで一覧されるソフトウェアを使用する場合には、多くのソフトウェアは環境変数を設定する必要があります。環境変数を設定する方法は、export コマンドまたは setenv コマンドで環境変数を定義する方法と module コマンドで環境変数を設定する方法があります。

SHIROKANE では、module コマンド で環境変数を設定する方法を推奨しています。

例えば、上の一覧にある fastqc というソフトウェアを使用する場合は、次のようにします。(作業している計算ノードへのログインから一度も $ module use /usr/local/package/modulefiles/ を実行していなければ、これを先に実行してください。)

$ module load fastqc

これにより fastqc のための環境変数が整い、 fastqc を実行できるようになります。

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