ソフトウェア一覧

ローカルディスクにインストールされているソフトウェアとそのバージョンの一覧は、module コマンドで表示します。

計算ノードへログイン後に一度、 $ module use /usr/local/package/modulefiles/ を実行します。 (参考: インストールしてある解析ツールを使うときの module use)

$ module use /usr/local/package/modulefiles/

以降、 $ module avail で、インストールされているソフトウェアとバージョンを見ることができます。

$ module avail

------------------------------- /usr/local/package/modulefiles -------------------------------
R/3.5                            haskell/8.4.3(default)           php/7.2
R/3.5.0(default)                 hdf5/1.10.5(default)             php/7.2.13(default)
R/3.5.0-icc                      hisat/2.1.0(default)             phylip/3.697(default)
R/3.6                            hmmer/3.2.1(default)             phyx/0.999(default)
R/3.6.0                          igblast/1.11.0(default)          picard/2.18.16(default)
R/3.6.0-icc                      jags/4.3.0(default)              postgresql/10.6(default)
abyss/2.1.2(default)             java/1.6.0_45                    prank/170427(default)
ambertools/18(default)           java/1.7.0_80                    prodigal/2.6.3(default)
ant/1.10.5(default)              java/1.8.0_181                   protobuf/3.6.1(default)
ant/1.9.13                       java/10                          python/2.7
arcs/1.0.5(default)              java/10_2018-03-20(default)      python/2.7.15
augustus/3.3.2(default)          java/11                          python/3.6
bamtools/2.5.1(default)          java/11_2018-09-25               python/3.6.5(default)
bcl2fastq/1.8.4                  java/12                          r/3.5
bcl2fastq/2.20.0.422(default)    java/12_2019-03-19               r/3.5.0(default)
bedtools/2.27.1(default)         java/13                          r/3.5.0-icc
blast/2.2.26(default)            java/13_2019-09-17               r/3.6
blast+/2.7.1                     java/6                           r/3.6.0
blast+/2.9.0(default)            java/7                           r/3.6.0-icc
boost/1.44.0                     java/8                           raster3d/3.0.3(default)
boost/1.67.0(default)            jellyfish/2.2.10(default)        raxml/8.2.12(default)
bowtie/1.2.2                     julia/1.0.1(default)             rstudio/1.1.463
bowtie/2.3.4.3(default)          kart/2.4.7(default)              rstudio/1.2.5019(default)
bwa/0.7.17(default)              llvm/7.0.0(default)              ruby/2.1
canu/1.8(default)                lobstr/4.0.6(default)            ruby/2.1.5
cap3/150210(default)             lua/5.3                          ruby/2.5
cd-hit/4.6.8(default)            lua/5.3.5(default)               ruby/2.5.1(default)
circos/0.69-6(default)           mafft/7.407                      salmon/0.11.3
clustalw/2.1(default)            mafft/7.427(default)             salmon/1.2.1(default)
cufflinks/2.2.1(default)         mcl/14-137(default)              samtools/0.1.20
cytoscape/3.7.0(default)         mcr/9.5                          samtools/1.9(default)
dart/1.3.3(default)              mcr/9.6(default)                 singularity/2.6.1
diamond/0.9.23(default)          megahit/1.1.3(default)           singularity/3.2.1(default)
drompa/3.5.0(default)            meme/5.0.2                       snpeff/4.3t(default)
emboss/6.6.0(default)            meme/5.0.5(default)              soapdenovo/2.04(default)
exonerate/2.2.0(default)         minimap/2.17(default)            spades/3.13.0(default)
express/1.5.1(default)           mmseqs/6-f5a1c(default)          sra-toolkit/2.10.2
fasta/36.3.8g(default)           mongodb/3.6.9                    sra-toolkit/2.10.4(default)
fastqc/0.11.8(default)           mongodb/4.0.4(default)           sra-toolkit/2.9.2
fasttree/2.1.10(default)         mpich/3.2.1(default)             star/2.6.1c(default)
fastx-toolkit/0.0.13(default)    mummer/3.9.4(default)            stringtie/1.3.4d(default)
fileutils/0.10(default)          mysql/5.7.24(default)            sundials/2.7.0(default)
freebayes/1.2.0(default)         nano/4                           tophat/2.1.1(default)
gcc/4.6.4                        nano/4.4(default)                trf/4.09(default)
gcc/7.2.0                        ncbi-cxx-toolkit/21.0.0(default) trinity/2.8.4(default)
gcc/7.3.0(default)               nodejs/12.3.1(default)           vcftools/0.1.16(default)
gdal/2.4.2(default)              octave/4.4.1(default)            velvet/1.2.10(default)
git/2.20.0(default)              opencv/4.0.0(default)            vips/8.7.1(default)
gmap/2018-07-04(default)         openmpi/3.1.0(default)           virtuoso/7.2.5(default)
go/1.10.3(default)               openmpi/3.1.0-icc                vsearch/2.9.1(default)
gromacs/2018.1(default)          perl/5.26.1(default)

------------------------------- /usr/share/Modules/modulefiles -------------------------------
dot         module-git  module-info modules     null        use.own

-------------------------------------- /etc/modulefiles --------------------------------------
R/3.5                         java/1.7.0_80                 mysql/5.7.24(default)
R/3.5.0(default)              java/1.8.0_181                nano/4
R/3.5.0-icc                   java/10                       nano/4.4(default)
R/3.6                         java/10_2018-03-20(default)   octave/4.4.1(default)
R/3.6.0                       java/11                       openmpi/3.1.0(default)
R/3.6.0-icc                   java/11_2018-09-25            openmpi/3.1.0-icc
ant/1.10.5(default)           java/12                       os_major_version
ant/1.9.13                    java/12_2019-03-19            perl/5.26.1(default)
foundation                    java/13                       postgresql/10.6(default)
gcc/4.6.4                     java/13_2019-09-17            protobuf/3.6.1(default)
gcc/7.2.0                     java/6                        python/2.7
gcc/7.3.0(default)            java/7                        python/2.7.15
git/2.20.0(default)           java/8                        python/3.6
go/1.10.3(default)            llvm/7.0.0(default)           python/3.6.5(default)
haskell/8.4.3(default)        lua/5.3                       ruby/2.1
hgc                           lua/5.3.5(default)            ruby/2.1.5
intelcompiler/16.0.3          mongodb/3.6.9                 ruby/2.5
intelcompiler/18.0.3(default) mongodb/4.0.4(default)        ruby/2.5.1(default)
java/1.6.0_45                 mpich/3.2.1(default)          virtuoso/7.2.5(default)
$ 

環境変数の設定

ここで一覧されるソフトウェアを使用する場合には、多くのソフトウェアは環境変数を設定する必要があります。環境変数を設定する方法は、export コマンドまたは setenv コマンドで環境変数を定義する方法と module コマンドで環境変数を設定する方法があります。

SHIROKANE では、module コマンド で環境変数を設定する方法を推奨しています。

例えば、上の一覧にある fastqc というソフトウェアを使用する場合は、次のようにします。(作業している計算ノードへのログインから一度も $ module use /usr/local/package/modulefiles/ を実行していなければ、これを先に実行してください。)

$ module load fastqc

これにより fastqc のための環境変数が整い、 fastqc を実行できるようになります。

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