ソフトウェア一覧
計算ノードのローカルディスクにインストールされているソフトウェアとそのバージョンの一覧は、module コマンドで表示します。
計算ノードへログイン後に一度、 $ module use /usr/local/package/modulefiles/ を実行します。 (参考: インストールしてある解析ツールを使うときの module use)
$ module use /usr/local/package/modulefiles/
以降、 $ module avail で、インストールされているソフトウェアとバージョンを見ることができます。
$ module avail -------------------------------------------------- /usr/local/package/modulefiles/ -------------------------------------------------- R/3.5 fasttree/2.1.10(default) meme/5.0.2 r/4.2 R/3.5.0(default) fastx-toolkit/0.0.13(default) meme/5.0.5(default) r/4.2.1 R/3.5.0-icc fileutils/0.10(default) meme/5.5.4 r/4.2.1-icc R/3.6 freebayes/1.2.0(default) minimap/2.17(default) r/4.2.2 R/3.6.0 gatk/4.2.3.0 mmseqs/6-f5a1c(default) r/4.2.3 R/3.6.0-icc gcc/10.2.0 mongodb/3.6.9 r/4.3 R/4.0 gcc/4.6.4 mongodb/4.0.4(default) r/4.3.0 R/4.0.2 gcc/6.5.0 mpich/3.2.1(default) raster3d/3.0.3(default) R/4.0.2-icc gcc/7.2.0 mpifileutils/0.11(default) raxml/8.2.12(default) R/4.1 gcc/7.3.0(default) mummer/3.9.4(default) rclone/1.53.3 R/4.1.0 gcc/9.3.0 mysql/5.7.24(default) rclone/1.53.4 R/4.1.0-icc gdal/2.4.2(default) nano/4 rclone/1.64.2(default) R/4.2 gdal/3.3.2 nano/4.4(default) repeatmasker/4.1.0(default) R/4.2.1 gdb/9.2(default) ncbi-cxx-toolkit/21.0.0(default) rstudio/1.1.463 R/4.2.1-icc geos/3.9.1 nodejs/12.3.1(default) rstudio/1.2.5019 R/4.2.2 git/2.20.0(default) octave/4.4.1(default) rstudio/1.4.1717(default) R/4.2.3 gmap/2018-07-04(default) opencv/4.0.0(default) rstudio/2022.07.1+554 R/4.3 go/1.10.3(default) openmpi/3.1.0 rstudio/2023.06.1+524 R/4.3.0 go/1.15.6 openmpi/3.1.0-icc ruby/2.1 abyss/2.1.2(default) go/1.21.1 openmpi/4.0.5 ruby/2.1.5 ambertools/18 gromacs/2018.1(default) openmpi/4.0.5-icc ruby/2.5 ambertools/23(default) gromacs/2021.5 openmpi/4.1.0(default) ruby/2.5.1(default) ant/1.10.5(default) gromacs/2022 openmpi/4.1.0-icc ruby/3.1 ant/1.9.13 haskell/8.4.3(default) openmpi/4.1.2 ruby/3.1.4 apptainer/1.2.3(default) hdf5/1.10.5(default) openmpi/4.1.2-icc salmon/0.11.3 arcs/1.0.5(default) hdf5/1.12.2 openssl/1.1.1o(default) salmon/1.2.1(default) augustus/3.3.2(default) hisat/2.1.0(default) perl/5.26.1(default) salmon2/2.2.0(default) bamtools/2.5.1(default) hmmer/3.2.1(default) php/7.2 samtools/0.1.20 bazel/3.5.0(default) igblast/1.11.0(default) php/7.2.13(default) samtools/1.15.1(default) bcl2fastq/1.8.4 jags/4.3.0(default) phylip/3.697(default) samtools/1.9 bcl2fastq/2.20.0.422(default) java/1.6.0_45 phyx/0.999(default) singularity/2.6.1 bedtools/2.27.1(default) java/1.7.0_80 picard/2.18.16 singularity/3.2.1(default) bedtools/2.30.0 java/1.8.0_181 picard/2.25.0(default) singularity/3.5.2 biobambam/2.0.146(default) java/10 postgresql/10.6(default) singularity/3.5.3 blast/2.2.26(default) java/10_2018-03-20(default) prank/170427(default) singularity/3.6.4 blast+/2.7.1 java/11 procmail/3.22(default) singularity/3.7.0 blast+/2.9.0(default) java/11_2018-09-25 prodigal/2.6.3(default) singularity/3.7.3 boost/1.44.0 java/12 proj/8.1.1 snpeff/4.3t(default) boost/1.67.0 java/12_2019-03-19 protobuf/3.6.1(default) soapdenovo/2.04(default) boost/1.74.0(default) java/13 python/2.7 spades/3.13.0 bowtie/1.2.2 java/13_2019-09-17 python/2.7.15 spades/3.15.5(default) bowtie/2.3.4.3(default) java/6 python/3.10 sqlite3/3.36.0 bwa/0.7.17(default) java/7 python/3.10.1 sra-toolkit/2.10.2 canu/1.8(default) java/8 python/3.10.5 sra-toolkit/2.10.4(default) cap3/150210(default) jellyfish/2.2.10(default) python/3.6 sra-toolkit/2.9.2 cd-hit/4.6.8(default) julia/1.0.1(default) python/3.6.5(default) star/2.6.1c(default) circos/0.69-6(default) kart/2.4.7(default) python/3.8 stringtie/1.3.4d(default) clustalw/2.1(default) libreoffice/7.1.0.3(default) python/3.8.5 sundials/2.7.0(default) cufflinks/2.2.1(default) llvm/7.0.0(default) r/3.5 tophat/2.1.1(default) cytoscape/3.7.0(default) lobstr/4.0.6(default) r/3.5.0(default) trf/4.09(default) dart/1.3.3(default) lua/5.1 r/3.5.0-icc trinity/2.13.2(default) diamond/0.9.23(default) lua/5.1.5 r/3.6 trinity/2.8.4 drompa/3.5.0(default) lua/5.3 r/3.6.0 vcftools/0.1.16(default) emboss/6.6.0(default) lua/5.3.5(default) r/3.6.0-icc velvet/1.2.10(default) exonerate/2.2.0(default) mafft/7.407 r/4.0 vips/8.7.1(default) express/1.5.1(default) mafft/7.427(default) r/4.0.2 virtuoso/7.2.5(default) fasta/36.3.8g(default) mcl/14-137(default) r/4.0.2-icc vsearch/2.9.1(default) fastp/0.20.1(default) mcr/9.5 r/4.1 wget/1.21.3(default) fastqc/0.11.8 mcr/9.6(default) r/4.1.0 fastqc/0.11.9(default) megahit/1.1.3(default) r/4.1.0-icc -------------------------------------------------- /usr/share/Modules/modulefiles --------------------------------------------------- dot module-git module-info modules null use.own --------------------------------------------------------- /etc/modulefiles ---------------------------------------------------------- R/3.5 gcc/4.6.4 java/13_2019-09-17 os_arch R/3.5.0(default) gcc/6.5.0 java/6 os_major_version R/3.5.0-icc gcc/7.2.0 java/7 perl/5.26.1(default) R/3.6 gcc/7.3.0(default) java/8 postgresql/10.6(default) R/3.6.0 gcc/9.3.0 llvm/7.0.0(default) protobuf/3.6.1(default) R/3.6.0-icc gdb/9.2(default) lua/5.1 python/2.7 R/4.0 git/2.20.0(default) lua/5.1.5 python/2.7.15 R/4.0.2 go/1.10.3(default) lua/5.3 python/3.10 R/4.0.2-icc go/1.15.6 lua/5.3.5(default) python/3.10.1 R/4.1 go/1.21.1 mongodb/3.6.9 python/3.10.5 R/4.1.0 haskell/8.4.3(default) mongodb/4.0.4(default) python/3.6 R/4.1.0-icc hgc mpich/3.2.1(default) python/3.6.5(default) R/4.2 intelcompiler/16.0.3 mysql/5.7.24(default) python/3.8 R/4.2.1 intelcompiler/18.0.3(default) nano/4 python/3.8.5 R/4.2.1-icc java/1.6.0_45 nano/4.4(default) ruby/2.1 R/4.2.2 java/1.7.0_80 octave/4.4.1(default) ruby/2.1.5 R/4.2.3 java/1.8.0_181 openmpi/3.1.0 ruby/2.5 R/4.3 java/10 openmpi/3.1.0-icc ruby/2.5.1(default) R/4.3.0 java/10_2018-03-20(default) openmpi/4.0.5 ruby/3.1 ant/1.10.5(default) java/11 openmpi/4.0.5-icc ruby/3.1.4 ant/1.9.13 java/11_2018-09-25 openmpi/4.1.0(default) virtuoso/7.2.5(default) default-hgc java/12 openmpi/4.1.0-icc wget/1.21.3(default) foundation java/12_2019-03-19 openmpi/4.1.2 gcc/10.2.0 java/13 openmpi/4.1.2-icc $
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環境変数の設定
ここで一覧されるソフトウェアを使用する場合には、多くのソフトウェアは環境変数を設定する必要があります。環境変数を設定する方法は、export コマンドまたは setenv コマンドで環境変数を定義する方法と module コマンドで環境変数を設定する方法があります。
SHIROKANE では、module コマンド で環境変数を設定する方法を推奨しています。
例えば、上の一覧にある fastqc というソフトウェアを使用する場合は、次のようにします。(作業している計算ノードへのログインから一度も $ module use /usr/local/package/modulefiles/ を実行していなければ、これを先に実行してください。)
$ module load fastqc
これにより fastqc のための環境変数が整い、 fastqc を実行できるようになります。
関連
- ソフトウェアインストール方針 OS 7
- ソフトウェアのインストールパス
- インストールされていないソフトウェアのインストール
- インストールされているソフトウェアのバージョンアップ申請