シェルスクリプトは、Linux コマンドを内容に持つテキストファイルです。対応するインタプリタが内容のコマンドを逐次実行します。
AGE のジョブスクリプトはシェルスクリプトで作成することが基本です。ジョブスクリプトにするには、スクリプト内の shebang #! を以下のように書き換える、もしくは、書き換えた行を追加する必要があります。
Bash の場合
書き換える場合
#!/bin/bash → #$ -S /bin/bash
書き加える場合
#!/bin/bash #$ -S /bin/bash
他のインタプリタの場合
Tcsh の場合
#$ -S /bin/tcsh
Perl の場合
#$ -S /usr/local/package/perl/5.26.1/bin/perl
スクリプト内の #$ コメントは AGE へのオプション指定です
ジョブ発行時のコマンドラインにてインタプリタを指定することも可能です。この場合はジョブスクリプト内に上述の変更を加える必要はありません。またジョブスクリプト内の記述はコマンドラインでの指定にて上書きされます。
$ qsub -S /bin/bash -cwd []
AGE に用いるシェルスクリプト内では、 #$ で始まる行は AGE へのオプションであると AGE が認識します。
#$ -S /bin/bash #$ -cwd
ジョブスクリプトの作成の際には、コマンドラインにオプションを書くより上記のようにジョブスクリプトの中に記述することを推奨します。
