ソフトウェア一覧
計算ノードのローカルディスクにインストールされているソフトウェアとそのバージョンの一覧は、module コマンドで表示します。
計算ノードへログイン後に一度、 $ module use /usr/local/package/modulefiles/ を実行します。 (参考: インストールしてある解析ツールを使うときの module use)
$ module use /usr/local/package/modulefiles/
以降、 $ module avail で、インストールされているソフトウェアとバージョンを見ることができます。
$ module avail ------------------------------------------------ /usr/local/package/modulefiles/ --------------------------------------------- abyss/2.3.7(default) gdal/3.8.2(default) mummer/4.0.0(default) repeatmasker/4.1.6(default) ambertools/23(default) gdb/13.2(default) mysql/8.0.35(default) rstudio/2023.09.1+494(default) ant/1.10.14(default) geos/3.12.1(default) nano/7 ruby/2.5.1 apache/2.4.58 git/2.43.0(default) nano/7.2(default) ruby/3.2 apache/2.4.62(default) gmap/2023-10-10(default) ncbi-cxx-toolkit/25.2.0(default) ruby/3.2.2(default) apptainer/1.2.4(default) go/1.21.3(default) nodejs/20.10.0(default) salmon/1.10.0(default) arcs/1.2.6(default) gromacs/2023.4(default) octave/8.4.0(default) samtools/1.9 augustus/3.3.2(default) haskell/8.4.3(default) opencv/4.8.1(default) samtools/1.19(default) bamtools/2.5.2(default) hdf5/1.14.3(default) openmpi/4.1.6(default) samtools/1.22-libdeflate bazel/6.4.0(default) hisat/2.2.1(default) perl/5.38.2(default) singularity/2.6.1 bcl2fastq/2.20.0.422(default) hmmer/3.4(default) php/8.3 singularity/3.2.1(default) bedtools/2.31.1(default) igblast/1.22.0(default) php/8.3.0(default) singularity/3.5.2 biobambam/2.0.185(default) jags/4.3.2(default) phylip/3.697(default) singularity/3.5.3 blast+/2.15.0(default) java/8 phyx/1.3.1(default) singularity/3.6.4 blast/2.2.26(default) java/8.392.08.1 picard/3.1.1(default) singularity/3.7.0 boost/1.83.0(default) java/11 postgresql/16.1(default) singularity/3.7.3 bowtie/2.5.2(default) java/11.0.21.9.1 postgresql/16.4 snpeff/5.2a(default) bwa/0.7.17(default) java/17 prank/170427(default) soapdenovo/r242(default) canu/2.2(default) java/17.0.9.8.1(default) prodigal/2.6.3(default) spades/3.15.4(default) cap3/150210(default) java/21 proj/8.1.1 spades/3.15.5 cd-hit/4.8.1(default) java/21.0.1 proj/9.3.1(default) sparsehash/2.0.4(default) circos/0.69-9(default) jellyfish/2.3.1(default) protobuf/25.2(default) sqlite3/3.44.2(default) clustalw/2.1(default) julia/1.9.4(default) python/3.12 sra-toolkit/3.0.10(default) cufflinks/2.2.1(default) kart/2.5.6(default) python/3.12.0(default) sra-toolkit/3.2.0 cytoscape/3.10.1(default) libreoffice/7.6.4.1(default) R/4.3 star/2.7.11a(default) dart/1.4.6(default) llvm/17.0.4(default) r/4.3 stringtie/2.2.1(default) diamond/2.1.8(default) lobstr/4.0.6(default) R/4.3.2(default) subread/2.0.6(default) drompa/3.7.2(default) lua/5.4 r/4.3.2(default) sundials/6.7.0(default) emboss/6.6.0(default) lua/5.4.6(default) R/4.4.0 tophat/2.1.1(default) exonerate/2.2.0(default) mafft/7.522(default) r/4.4.0 trf/4.09(default) express/1.5.1(default) mcl/22-282(default) R/4.4.1 trinity/2.15.1(default) fasta/36.3.8(default) mcr/R2023b(default) r/4.4.1 vcftools/0.1.16(default) fastp/0.23.4(default) megahit/1.2.9(default) R/4.4.3 velvet/1.2.10(default) fastqc/0.12.1(default) meme/5.5.4(default) r/4.4.3 vips/8.14.5(default) fasttree/2.1.11(default) minimap/2.26(default) raster3d/3.0.7(default) virtuoso/7.2.11(default) fastx-toolkit/0.0.14(default) mmseqs/15-6f452(default) raxml/8.2.12(default) vsearch/2.26.1(default) freebayes/1.3.6(default) mongodb/7.0.3(default) rclone/1.65.0 gatk/4.5.0.0(default) mpich/4.1.2(default) rclone/1.65.2(default) gcc/13.2.0(default) mpifileutils/0.11.1(default) rclone/1.66.0 ------------------------------------------------ /usr/share/Modules/modulefiles ------------------------------------------------ dot module-git module-info modules null use.own ------------------------------------------------------- /etc/modulefiles ------------------------------------------------------- ant/1.10.14(default) java/8 lua/5.4 os_arch R/4.3.2(default) default-hgc java/8.392.08.1 lua/5.4.6(default) os_major_version R/4.4.0 foundation java/11 mongodb/7.0.3(default) perl/5.38.2(default) R/4.4.1 gcc/13.2.0(default) java/11.0.21.9.1 mpich/4.1.2(default) postgresql/16.1(default) R/4.4.3 git/2.43.0(default) java/17 mysql/8.0.35(default) postgresql/16.4 ruby/2.5.1 go/1.21.3(default) java/17.0.9.8.1(default) nano/7 protobuf/25.2(default) ruby/3.2 haskell/8.4.3(default) java/21 nano/7.2(default) python/3.12 ruby/3.2.2(default) hgc java/21.0.1 octave/8.4.0(default) python/3.12.0(default) virtuoso/7.2.11(default) intelcompiler/2023.2(default) llvm/17.0.4(default) openmpi/4.1.6(default) R/4.3 $
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環境変数の設定
ここで一覧されるソフトウェアを使用する場合には、多くのソフトウェアは環境変数を設定する必要があります。環境変数を設定する方法は、export コマンドまたは setenv コマンドで環境変数を定義する方法と module コマンドで環境変数を設定する方法があります。
SHIROKANE では、module コマンド で環境変数を設定する方法を推奨しています。
例えば、上の一覧にある fastqc というソフトウェアを使用する場合は、次のようにします。(作業している計算ノードへのログインから一度も $ module use /usr/local/package/modulefiles/ を実行していなければ、これを先に実行してください。)
$ module load fastqc
これにより fastqc のための環境変数が整い、 fastqc を実行できるようになります。
関連
- ソフトウェアのインストールパス
- インストールされていないソフトウェアのインストール
- インストールされているソフトウェアのバージョンアップ申請