SHIROKANE, the supercomputer at Human Genome Center
運用期間: 2024 年 4 月 ～ 2024 年 4 月から、データサイエンスコンピューティングシステム Shirokane7 の運用を開始予定です。 Shirokane7 は、最新の AMD CPU や ARM CPU を搭載した高速な処理性能を備えてるほか、 GPGPU に NVIDIA H100 を採用します。また、アーカイブディスクのテープ領域機器を刷新し長期間安定してデータを保存できる環境を提供します。 システム構成 計算ノード Thin: 96 CPU コアの AMD EPYC 9654...
運用期間: 2024 年 4 月 ～ (予定) 128 CPU コアの Ampere Altra Max M128-30 を 2 基 (合計 256 CPU コア) 、512 GB のメモリを搭載した Arm アーキテクチャ CPU の計算ノード群です。計 33 ノードで構成されます。OS は RedHat Enterprise Linux...
運用期間: 2024 年 4 月 ～ (予定) 1 ノードあたり 1,536 GB のメモリに 56 CPU コアの Intel Xeon Platinum 8480+ を 2 基 (合計 112 CPU コア) と NVIDIA HGX H100 を 8 基搭載した、計 2...
運用期間: 2024 年 4 月 ～ (予定) 1 ノードあたり 6 TB のメモリに 96 CPU コアの AMD EPYC 9654 を 2 基 (合計 192 CPU コア) を搭載した、計 3 ノードで構成される計算ノード群です。大容量メモリを必要とする演算が可能です。OS は RedHat Enterprise Linux 8 系です。...
運用期間: 2024 年 4 月 ～ (予定) 96 CPU コアの AMD EPYC 9654 を 2 基 (合計 192 CPU コア)、768 GB のメモリを搭載した計算ノード群です。計 64 ノードで構成されます。OS は RedHat Enterprise Linux 8 系です。 構成名 計算ノード Thin ノード数...
10 月 24 日 9 時 00 分 から実施しておりました定期点検作業は、10 月 26 日 17 時 20 分 にすべて終了いたしました。 ご協力ありがとうございました。 当センターのサービスを日頃ご利用くださり、ありがとうございます。 下記の日程にて、HGC の計算機システム SHIROKANE の定期点検を行います。定期点検の期間は、すべてのサービスを停止します。 定期点検の日程: 10 月 24 日 (火) 9:00 ～ 27 日 (金)...
今回はヒトゲノム解析センターの SHIROKANE に導入している plocate コマンドを紹介します。 plocate コマンドとは 2022 年 4 月に導入した plocate コマンドは、 SHIROKANE に存在する数多くのファイルから利用者がアクセスできるファイルを瞬時に検索することができます。plocate コマンドは、SHIROKANE のホームディスクおよびアーカイブディスクにあるファイルを、ファイル名やファイルパスに含まれる文字列をキーにして検索するツールです。検索結果には検索文字列を含むディレクトリにあるファイルも含まれます。ホームディレクトリ以外に存在する自身がアクセスできるファイルも含まれます。plocate コマンドは、ファイル名やファイルパスに含まれる文字列でしか検索を行わず、検索結果に表示されるファイルは、実行したユーザが ls コマンドにて存在を確かめることができるものに限られます。「含まれる文字列」以外での検索、例えば、自身が所有者となっているファイルを検索するというようなことはできません。 plocate コマンドの最大の特長は検索が高速であることです。このコマンドの検索は、ホームディスクやアーカイブディスクに対しておこわなれるものではなく、ファイルのメタデータを収集したデータベースを対象に実行されます。このため、待ち時間なく検索結果が表示されます。ただし、データベースに登録されていないファイルは登録されるまで検索ができません。 SHIROKANE では毎週土曜日にデータベース更新を行っていますので、最大で直近の 1 週間以内に作成したファイルは検索結果に含まれないことになります。 plocate コマンドの SHIROKANE 利用者向けの情報は次のアドレスです。https://supcom.hgc.jp/internal/mediawiki/id/1656 SHIROKANE での plocate コマンドの仕組み...
7 月 20 日 10 時 00 分 から実施しておりました NoMachine のメンテナンスが、7 月 20 日 11 時 20 分 にすべて終了致しましたことをご連絡致します。 当センターのサービスを日頃ご利用くださり、ありがとうございます。 下記の日程で SHIROKANE の NoMachine Terminal Server をバージョンアップするため、snx2.hgc.jp を停止します。snx1.hgc.jp はサービスを続けますので、こちらをご利用ください。ただし、接続できるユーザ数には限りがございますので、ご了承ください。 2023 年 7 月 20...
ヒトゲノム解析センターでは、Shirokane6 から部分的に Arm アーキテクチャ CPU の計算ノードを導入しています。 Arm アーキテクチャ CPU は、AMD や Intel が作るメジャーな CPU よりも比較的コア数が多く、電力効率が良い (省電力) ことが特徴の CPU で、富岳スパコンが Arm アーキテクチャ CPU を採用したことでも注目を浴びました。 近年、ユーザ数が急激に増加している SHIROKANE では全体の CPU コア数の確保が課題になっており、多くのコアを省電力で稼働できる Arm アーキテクチャ CPU を搭載したサーバを Shirokane6 で導入していました。...
2 月 16 日 9 時 00 分 から実施しておりました定期点検作業が、2 月 21 日 17 時 30 分 に終了いたしましたことをご連絡いたします。ご協力ありがとうございました。 アーカイブディスクのメンテナンスが 2 月 27 日 18 時 45 分に終了いたしましたことをご連絡いたします。ご協力ありがとうございました。 当センターのサービスを日頃ご利用くださり、ありがとうございます。 下記の日程にて、HGC の計算機システム SHIROKANE の定期点検を行います。定期点検の期間は、すべてのサービスを停止します。 定期点検の日程: 2 月...
