Shirokane7 AMD サーバの検証
ヒトゲノム解析センターでは、2024 年 4 月から稼働開始予定の Shirokane7 計算ノード Thin で、最新の AMD CPU を搭載したサーバを導入します。 導入にあたり、伝統あるツール実行時の性能を、Shirokane 6 以前の 計算ノード Thin のサーバと比較しました。
各世代のスペック
SHIROKANE の各世代の計算ノード Thin のスペックは以下のとおりです。
| 世代 | CPU | メモリ |
| Shirokane5 | Intel Xeon Gold 6154 18 core × 2 socket, 3.0 ～ 3.7 GHz | 192 GB, 2,666 MHz |
| Shirokane6 | AMD EPYC 7713 64 core × 2 socket, 2.0 ～ 3.675 GHz | 512 GB, 3,200 MHz |
| Shirokane7 | AMD EPYC 9654 96 core × 2 socket, 2.4 ～ 3.7 GHz | 768 GB, 4,800 MHz |
検証結果
BLAST、BWA、SAMTools sort それぞれでモデルケースを作成し、実行完了までの時間を測定しました。時間が短い方が性能が高いといえます。各世代との比較は以下のとおりです。 検証したツールすべてで、Shirokane6 までのサーバと比べて短い時間で実行完了していることがわかります。
まとめ
Shirokane7 計算ノード Thin では、今までのサーバと比較して、最も差があるものでは、ほぼ半分の時間で実行できることがわかりました。 検証に使用した最新の AMD CPU を搭載する計算ノード Thin は 2024 年 4 月から稼働開始し、SHIROKANE 利用者が解析を実行できます。より高速な解析を実行可能な Shirokane7 稼働開始を、どうぞご期待ください。
