運用期間: 2019 年 4 月 ～ 2024 年 3 月

2019 年 4 月から、データサイエンスコンピューティングシステム Shirokane5 の運用を開始しました。 Shirokane5 は、最新の Intel CPU を搭載した高速な処理性能を備えています。また、NVIDIA Tesla V100 を 80 基備えており、GPGPU による演算を可能としています。

システム構成

• 計算ノード Thin: 18 CPU コアの Intel Xeon Gold 6154 2 基 (合計 36 CPU コア)、192 GB のメモリを搭載した計算ノード群です。計 335 ノードで構成されます。OS バージョンは CentOS バージョン 7 系です。
  • ノード数: 335
  • Rpeak: 1,041 Tflops
  • CPU: Xeon Gold 6154 (3.0 GHz)
  • OS: CentOS
  • CPU コア数: 12,060
  • メモリ/node: 192 GB
• 計算ノード Fat: 1 ノードあたり 3 TB のメモリに 18 CPU コアの Intel Xeon Gold 6154 4 CPU (合計 72 CPU コア) を搭載した計算ノードです。
  • ノード数: 2
  • Rpeak: 12.15 Tflops
  • CPU: Xeon Gold 6154 (3.0 GHz)
  • OS: CentOS
  • CPU コア数: 144
  • メモリ/node: 3.0 TB
• 計算ノード GPU (V100): GPGPU による演算を可能とした計算サーバ群で、1 ノードあたり NVIDIA Tesla V100 SXM2 を 8 基搭載します。計 10 ノードで構成されます。
  • ノード数: 10
  • Rpeak: 41.2 Tflops
  • CPU: Xeon Gold 6126 (2.6 GHz)
  • OS: CentOS
  • CPU コア数: 240
  • メモリ/node: 384 GB
  • GPU 数/node: 8
  • GPU Rpeak/node: 7.8 Tflops
• 計算ノード GPU(A100): GPGPU による演算を可能とした計算サーバで、1 ノードあたり NVIDIA A100 を 8 基搭載します。
  • ノード数: 1
  • CPU: AMD EPYC 7742 (2.25 GHz)
  • OS: Ubuntu
  • CPU コア数: 128
  • メモリ/node: 1 TB
  • GPU 数/node: 8
  • GPU Rpeak/node: 9.7 Tflops
• 計算ノード Windows: Windows 依存の解析ソフトを実行するための計算ノードです。
  • ノード数: 2
  • Rpeak: 6.2 Tflops
  • CPU: Xeon Gold 6154 (3.0 GHz)
  • OS: Windows Server
  • CPU コア数: 72
  • メモリ/node: 192 GB
• Web サーバ: Web サービスを提供するためのサーバです。
  • ノード数: 2
  • Rpeak: 6.2 Tflops
  • CPU: Xeon Gold 6126 (2.6 GHz)
  • OS: Red Hat Enterprise Linux
  • CPU コア数: 48
  • メモリ/node: 96 GB
• DB サーバ: DB サービスを提供するためのサーバです。
  • ノード数: 2
  • Rpeak: 6.2 Tflops
  • CPU: Xeon Gold 6126 (2.6 GHz)
  • OS: Red Hat Enterprise Linux
  • CPU コア数: 48
  • メモリ/node: 96 GB
• オブジェクトストレージ: シークエンスデータ共有サービスで提供する予定のデータ保存領域で使用する予定です。
  • ディスク容量: 2 PB

Operational Status