Shirokane7 DB サーバ
運用期間: 2024 年 4 月 ～ (予定) データベースを動かすためのサーバです。 構成名 DB サーバ ノード数 2 機種名 GIGABYTE R163-Z30-AAB1 CPU/node AMD EPYC 9224 2.5 GHz (24 CPU cores) × 1 Memory/node 64 GB ディスク容量 7.68 TB ×...
SHIROKANE SC ブログ
Shirokane7 Web サーバ
運用期間: 2024 年 4 月 ～ (予定) Web サービスを提供するためのサーバです。 構成名 Web サーバ ノード数 2 機種名 GIGABYTE R163-Z30-AAB1 CPU/node AMD EPYC 9224 2.5 GHz (24 CPU cores) × 1 Memory/node 64 GB ホスト名プレフィックス (予定)
Shirokane7 計算ノード Windows
運用期間: 2024 年 4 月 ～ (予定) 24 CPU コアの AMD EPYC 9224 2.5 GHz 1 基 (合計 24 CPU コア)、64 GB のメモリを搭載し、Windows 依存の解析ソフトを実行するための計算ノードです。 構成名 計算ノード Windows ノード数 2 機種名 GIGABYTE R163-Z30-AAB1 CPU/node AMD...
Shirokane7 データサイエンスコンピューティングシステム
運用期間: 2024 年 4 月 ～ 2024 年 4 月から、データサイエンスコンピューティングシステム Shirokane7 の運用を開始予定です。 Shirokane7 は、最新の AMD CPU や ARM CPU を搭載した高速な処理性能を備えてるほか、 GPGPU に NVIDIA H100 を採用します。また、アーカイブディスクのテープ領域機器を刷新し長期間安定してデータを保存できる環境を提供します。 システム構成 計算ノード Thin: 96 CPU コアの AMD EPYC 9654...
Shirokane7 計算ノード Arm
運用期間: 2024 年 4 月 ～ (予定) 128 CPU コアの Ampere Altra Max M128-30 を 2 基 (合計 256 CPU コア) 、512 GB のメモリを搭載した Arm アーキテクチャ CPU の計算ノード群です。計 33 ノードで構成されます。OS は RedHat Enterprise Linux...
Shirokane7 計算ノード GPU
運用期間: 2024 年 4 月 ～ (予定) 1 ノードあたり 1,536 GB のメモリに 56 CPU コアの Intel Xeon Platinum 8480+ を 2 基 (合計 112 CPU コア) と NVIDIA HGX H100 を 8 基搭載した、計 2...
Shirokane7 計算ノード Fat
運用期間: 2024 年 4 月 ～ (予定) 1 ノードあたり 6 TB のメモリに 96 CPU コアの AMD EPYC 9654 を 2 基 (合計 192 CPU コア) を搭載した、計 3 ノードで構成される計算ノード群です。大容量メモリを必要とする演算が可能です。OS は RedHat Enterprise Linux 8 系です。...
Shirokane7 計算ノード Thin
運用期間: 2024 年 4 月 ～ (予定) 96 CPU コアの AMD EPYC 9654 を 2 基 (合計 192 CPU コア)、768 GB のメモリを搭載した計算ノード群です。計 64 ノードで構成されます。OS は RedHat Enterprise Linux 8 系です。 構成名 計算ノード Thin ノード数...
2023 年 10 月 定期点検のお知らせ
10 月 24 日 9 時 00 分 から実施しておりました定期点検作業は、10 月 26 日 17 時 20 分 にすべて終了いたしました。 ご協力ありがとうございました。 当センターのサービスを日頃ご利用くださり、ありがとうございます。 下記の日程にて、HGC の計算機システム SHIROKANE の定期点検を行います。定期点検の期間は、すべてのサービスを停止します。 定期点検の日程: 10 月 24 日 (火) 9:00 ～ 27 日 (金)...
ファイル名で探す plocate コマンド
今回はヒトゲノム解析センターの SHIROKANE に導入している plocate コマンドを紹介します。 plocate コマンドとは 2022 年 4 月に導入した plocate コマンドは、 SHIROKANE に存在する数多くのファイルから利用者がアクセスできるファイルを瞬時に検索することができます。plocate コマンドは、SHIROKANE のホームディスクおよびアーカイブディスクにあるファイルを、ファイル名やファイルパスに含まれる文字列をキーにして検索するツールです。検索結果には検索文字列を含むディレクトリにあるファイルも含まれます。ホームディレクトリ以外に存在する自身がアクセスできるファイルも含まれます。plocate コマンドは、ファイル名やファイルパスに含まれる文字列でしか検索を行わず、検索結果に表示されるファイルは、実行したユーザが ls コマンドにて存在を確かめることができるものに限られます。「含まれる文字列」以外での検索、例えば、自身が所有者となっているファイルを検索するというようなことはできません。 plocate コマンドの最大の特長は検索が高速であることです。このコマンドの検索は、ホームディスクやアーカイブディスクに対しておこわなれるものではなく、ファイルのメタデータを収集したデータベースを対象に実行されます。このため、待ち時間なく検索結果が表示されます。ただし、データベースに登録されていないファイルは登録されるまで検索ができません。 SHIROKANE では毎週土曜日にデータベース更新を行っていますので、最大で直近の 1 週間以内に作成したファイルは検索結果に含まれないことになります。 plocate コマンドの SHIROKANE 利用者向けの情報は次のアドレスです。https://supcom.hgc.jp/internal/mediawiki/id/1656 SHIROKANE での plocate コマンドの仕組み...
