SHIROKANE, the supercomputer at Human Genome Center
ユーザが qlogin し、コマンドラインにジョブを入力するインタラクティブジョブを実行するために、SHIROKANE では計算ノード Thin (以下、intr.q ノードとする) があります。今回は、intr.q ノードで発生する “過負荷” による影響と対策についてご紹介します。 2024 年 8 ～ 9 月に発生した qlogin できなくなった事象 intr.q ノードは 2024/8/11 15:00 頃 ～ 8/13 9:50 頃、8/14 14:30 ～ 15:30 頃、9/23 2:45 ～...
10 月 29 日 9 時 00 分 から実施しておりました定期点検作業が、11 月 1 日 11 時 00 分 にすべて終了しましたことをご連絡いたします。 ご協力ありがとうございました。 当センターのサービスを日頃ご利用くださり、ありがとうございます。 下記の日程にて、HGC の計算機システム SHIROKANE の定期点検を行います。定期点検の期間は、すべてのサービスを停止します。 定期点検の日程: 10 月 29 日 (火) 9:00 ～ 11 月 1...
ヒトゲノム解析センターでは、ARM64 アーキテクチャの CPU を搭載するサーバとして計算ノード Arm を導入しています。計算ノード Arm は、SHIROKANE の主要な計算ノードである計算ノード Thin よりも 1 ノードあたりのコア数が多いというメリットがある一方、利用可能なソフトウェア数は計算ノード Thin に劣ります。今回は計算ノード Arm の利用環境を計算ノード Thin に近づけることを目的に、Box64 を利用して計算ノード Arm で利用可能なソフトウェア数を増やす取り組みを行いました。 Box64 Box64 とは、主に ARM64 システム上で x86_64 バイナリを実行するためのエミュレータです。x86_64 命令を ARM64 命令へ変換する機能や、ARM64 のライブラリを x86_64...
日頃から SHIROKANE をご利用いただき、ありがとうございます。SHIROKANE が接続している SINET6 のメンテナンスのため、SHIROKANE とインターネット間の通信が停止します。以下の時間帯で 15 分程度の通信断が 2 回発生します。 2024 年 6 月 22 日 (土) 午前 4:30 – 6:00 通信停止中は、インターネットから SHIROKANE にログインできません。インターネットと通信しない AGE ジョブへの影響はありません。 以上、ご迷惑をお掛けしますが、ログイン時刻の調整をお願いいたします。
5 月 20 日 10 時 00 分 から実施しておりました臨時メンテナンスは 5 月 20 日 12 時 00 分に終了いたしました。 ご協力ありがとうございました。 当センターのサービスを日頃ご利用くださり、ありがとうございます。 下記の日程で SHIROKANE の NoMachine Terminal Server および sutil.hgc.jp を停止します。 5 月 20 日 (月) 10:00...
4 月 12 日 18 時 00 分 から実施しておりました臨時メンテナンスは 4 月 12 日 18 時 50 分に終了いたしました。 ご協力ありがとうございました。 当センターのサービスを日頃ご利用くださり、ありがとうございます。 下記の日程で SHIROKANE の NoMachine Terminal Server の臨時メンテナンスのため snx1.hgc.jp を停止します。 2024 年 4 月 12 日...
ヒトゲノム解析センターは 4 月 1 日に新しい解析基盤である Shirokane7 を稼働し、運用を開始しました。5 年間にわたり運用してきた Shirokane5 の多くの計算サーバは役目を終え、SHIROKANE は主に Shirokane6 と Shirokane7 の構成で運用していきます。 本日は期待の高まる Shirokane7 の特徴とともに、普段から SHIROKANE を支えるサポート係の稼働に向けた様子をご紹介します。 Shirokane7 を稼働しました Shirokane7 の主要な計算ノード (計算ノード Thin) は、最新世代の AMD CPU を採用しており、Shirokane5 と比較すると バイオツールの実行時間が約 30 〜...
3 月 18 日 9 時 00 分 から実施しておりました定期点検作業は、3 月 22 日 17 時 25 分 にすべて終了いたしました。 ご協力ありがとうございました。 また、本日から Shirokane7 の運用を開始しました。 当センターのサービスを日頃ご利用くださり、ありがとうございます。 下記の日程にて、HGC の計算機システム SHIROKANE の定期点検を行います。定期点検の期間は、すべてのサービスを停止します。 定期点検の日程: 3 月 18 日 (月) 9:00 ～...
2 月 15 日 9 時 00 分 から実施しておりました定期点検作業は、2 月 19 日 18 時 00 分 に終了したことをご連絡いたします。ご協力ありがとうございました。 計算ノード Windows のメンテナンスが 2 月 21 日 21 時 30 分に終了したことをご連絡いたします。 ご協力ありがとうございました。 なお、3 月 4 日 9...
12 月 29 日 金曜日から 1 月 3 日 水曜日まで SHIROKANE サポート係はお休みをいただきます。 また、本日以降の申請・お問い合わせ等は、年明けの対応になりますことをご了承ください。
ヒトゲノム解析センターでは、2024 年 4 月から稼働開始予定の Shirokane7 計算ノード Thin で、最新の AMD CPU を搭載したサーバを導入します。 導入にあたり、伝統あるツール実行時の性能を、Shirokane 6 以前の 計算ノード Thin のサーバと比較しました。 各世代のスペック SHIROKANE の各世代の計算ノード Thin のスペックは以下のとおりです。 世代 CPU メモリ Shirokane5 Intel Xeon Gold 6154 18 core × 2...
運用期間: 2024 年 4 月 ～ (予定) データベースを動かすためのサーバです。 構成名 DB サーバ ノード数 2 機種名 GIGABYTE R163-Z30-AAB1 CPU/node AMD EPYC 9224 2.5 GHz (24 CPU cores) × 1 Memory/node 64 GB ディスク容量 7.68 TB ×...
