SHIROKANE, the supercomputer at Human Genome Center
当センターのサービスを日頃ご利用くださり、ありがとうございます。 下記の日程にて、HGC の計算機システム SHIROKANE の定期点検を行います。定期点検の期間は、すべてのサービスを停止します。 定期点検の日程: 10 月 24 日 (火) 9:00 ～ 27 日 (金) 18:00 SHIROKANE へのログインができません AGE のジョブは定期点検開始時に削除されます Web サービス、FTP サービスなども停止します 作業が終わったサービスから順次再開することがあります 定期点検で実施する作業については、スパコン Wiki をご覧ください。 スパコン Wiki 2023 年 10 月の定期点検...
当センターのサービスを日頃ご利用くださり、ありがとうございます。 下記の日程にて、HGC の計算機システム SHIROKANE の定期点検を行います。定期点検の期間は、すべてのサービスを停止します。 定期点検の日程: 10 月 24 日 (火) 9:00 ～ 27 日 (金) 18:00 SHIROKANE へのログインができません AGE のジョブは定期点検開始時に削除されます Web サービス、FTP サービスなども停止します 作業が終わったサービスから順次再開することがあります 定期点検で実施する作業については、スパコン Wiki をご覧ください。 スパコン Wiki 2023 年 10 月の定期点検...
今回はヒトゲノム解析センターの SHIROKANE に導入している plocate コマンドを紹介します。 plocate コマンドとは 2022 年 4 月に導入した plocate コマンドは、 SHIROKANE に存在する数多くのファイルから利用者がアクセスできるファイルを瞬時に検索することができます。plocate コマンドは、SHIROKANE のホームディスクおよびアーカイブディスクにあるファイルを、ファイル名やファイルパスに含まれる文字列をキーにして検索するツールです。検索結果には検索文字列を含むディレクトリにあるファイルも含まれます。ホームディレクトリ以外に存在する自身がアクセスできるファイルも含まれます。plocate コマンドは、ファイル名やファイルパスに含まれる文字列でしか検索を行わず、検索結果に表示されるファイルは、実行したユーザが ls コマンドにて存在を確かめることができるものに限られます。「含まれる文字列」以外での検索、例えば、自身が所有者となっているファイルを検索するというようなことはできません。 plocate コマンドの最大の特長は検索が高速であることです。このコマンドの検索は、ホームディスクやアーカイブディスクに対しておこわなれるものではなく、ファイルのメタデータを収集したデータベースを対象に実行されます。このため、待ち時間なく検索結果が表示されます。ただし、データベースに登録されていないファイルは登録されるまで検索ができません。 SHIROKANE では毎週土曜日にデータベース更新を行っていますので、最大で直近の 1 週間以内に作成したファイルは検索結果に含まれないことになります。 plocate コマンドの SHIROKANE 利用者向けの情報は次のアドレスです。https://supcom.hgc.jp/internal/mediawiki/id/1656 SHIROKANE での plocate コマンドの仕組み...
7 月 20 日 10 時 00 分 から実施しておりました NoMachine のメンテナンスが、7 月 20 日 11 時 20 分 にすべて終了致しましたことをご連絡致します。 当センターのサービスを日頃ご利用くださり、ありがとうございます。 下記の日程で SHIROKANE の NoMachine Terminal Server をバージョンアップするため、snx2.hgc.jp を停止します。snx1.hgc.jp はサービスを続けますので、こちらをご利用ください。ただし、接続できるユーザ数には限りがございますので、ご了承ください。 2023 年 7 月 20...
ヒトゲノム解析センターでは、Shirokane6 から部分的に Arm アーキテクチャ CPU の計算ノードを導入しています。 Arm アーキテクチャ CPU は、AMD や Intel が作るメジャーな CPU よりも比較的コア数が多く、電力効率が良い (省電力) ことが特徴の CPU で、富岳スパコンが Arm アーキテクチャ CPU を採用したことでも注目を浴びました。 近年、ユーザ数が急激に増加している SHIROKANE では全体の CPU コア数の確保が課題になっており、多くのコアを省電力で稼働できる Arm アーキテクチャ CPU を搭載したサーバを Shirokane6 で導入していました。...
2 月 16 日 9 時 00 分 から実施しておりました定期点検作業が、2 月 21 日 17 時 30 分 に終了いたしましたことをご連絡いたします。ご協力ありがとうございました。 アーカイブディスクのメンテナンスが 2 月 27 日 18 時 45 分に終了いたしましたことをご連絡いたします。ご協力ありがとうございました。 当センターのサービスを日頃ご利用くださり、ありがとうございます。 下記の日程にて、HGC の計算機システム SHIROKANE の定期点検を行います。定期点検の期間は、すべてのサービスを停止します。 定期点検の日程: 2 月...
1 月 16 日 10 時 00 分 から実施しておりましたアーカイブディスクのメンテナンスが、1 月 19 日 19 時 50 分 にすべて終了致しましたことをご連絡致します。 2023 年 1 月 16 日 (月) 10:00 ～ 20 日 (金) 18:00 ご迷惑をお掛けしますが、ご理解、ご協力の程よろしくお願いいたします。
12 月 29 日 木曜日から 1 月 3 日 火曜日まで SHIROKANE サポート係はお休みをいただきます。 また、本日以降の申請・お問い合わせ等は、年明けの対応になりますことをご了承ください。
HGC スパコン SHIROKANE を使用するための基礎的知識の学習に 最適な SHIROKANE Tutorial 資料と動画を公開いたしました。 Linux の基本操作 資料/動画 ls や cd など Linux を使用するうえで基礎となるコマンドを知ることを目的としています。はじめて Linux に触れる方向けです 利用者入門講習会 資料/動画 AGE をつかい、スパコンならではの Linux の使い方を知ることを目的としています。はじめて SHIROKANE に触れる方向けです 大規模にジョブを実行する際の心得 資料/動画 SHIROKANE の特性を理解し、多量のジョブを効率よく実行できるようになることを目的にしています。数百、数千のジョブを実行する必要のあるユーザ向けです SHIROKANE の利用にあたって知っておくべき内容となっていますので、ぜひご参考としてください。 講習会資料
10 月 26 日 9 時 00 分 から実施しておりました定期点検作業が、10 月 27 日 18 時 15 分 にすべて終了致しましたことをご連絡致します。 ご協力ありがとうございました。 当センターのサービスを日頃ご利用くださり、ありがとうございます。 下記の日程にて、HGC の計算機システム SHIROKANE の定期点検を行います。定期点検の期間は、すべてのサービスを停止します。 定期点検の日程: 10 月 26 日 (水) 9:00 ～ 28 日 (金)...
このメンテナンスは終了しました。 日頃から SHIROKANE をご利用いただき、ありがとうございます。SHIROKANE が接続している SINET6 のメンテナンスのため、 SHIROKANE とインターネット間の通信が停止します。以下の時間帯で 15 分程度の通信断が 1～3 回発生します。 日程: 2022 年 9 月 12 日 (月) 午前 0:00 ～ 1:30 通信停止中は、インターネットから SHIROKANE にログインできません。インターネットと通信しない AGE ジョブへの影響はありません。 以上、ご迷惑をお掛けしますが、ログイン時刻の調整をお願いいたします。
