SHIROKANE, the supercomputer at Human Genome Center
2 月 13 日 9 時 00 分 から実施しておりました定期点検作業が、2 月 18 日 14 時 30 分 にすべて終了しましたことをご連絡いたします。 ご協力ありがとうございました。 当センターのサービスを日頃ご利用くださり、ありがとうございます。 下記の日程にて、HGC の計算機システム SHIROKANE の定期点検を行います。定期点検の期間は、すべてのサービスを停止します。 定期点検の日程: 2 月 13 日 (木) 9:00 ～ 18 日 (火)...
2 月 13 日 9 時 00 分 から実施しておりました定期点検作業が、2 月 18 日 14 時 30 分 にすべて終了しましたことをご連絡いたします。 ご協力ありがとうございました。 当センターのサービスを日頃ご利用くださり、ありがとうございます。 下記の日程にて、HGC の計算機システム SHIROKANE の定期点検を行います。定期点検の期間は、すべてのサービスを停止します。 定期点検の日程: 2 月 13 日 (木) 9:00 ～ 18 日 (火)...
12 月 28 日 土曜日から 1 月 5 日 日曜日まで SHIROKANE サポート係はお休みをいただきます。 また、本日以降の申請・お問い合わせ等は、年明けの対応になりますことをご了承ください。
ログインノード (slogin、snx) は SHIROKANE の入口であり、常に安定して稼働していることが求められます。 低負荷を保てるよう、ログインノードでのプログラムの実行などの作業を禁止し、利用者にはご協力をいただいているところです。参考: ログインノードでできること 2024 年 11 月に発生した SHIROKANE のログインノードの過負荷とその原因 2024 年 11 月頃、ログインノードへの SCP によるデータ転送が遅くなるまたは失敗する状態となりました。 この原因は、複数の利用者が Visual Studio Code (VSCode) の Remote SSH による接続をログインノードに対して行っていたことでした。 ログインノード slogin.hgc.jp が過負荷になり、機能を果たせなくなりました。 VSCode の Remote SSH...
ユーザが qlogin し、コマンドラインにジョブを入力するインタラクティブジョブを実行するために、SHIROKANE では計算ノード Thin (以下、intr.q ノードとする) があります。今回は、intr.q ノードで発生する “過負荷” による影響と対策についてご紹介します。 2024 年 8 ～ 9 月に発生した qlogin できなくなった事象 intr.q ノードは 2024/8/11 15:00 頃 ～ 8/13 9:50 頃、8/14 14:30 ～ 15:30 頃、9/23 2:45 ～...
10 月 29 日 9 時 00 分 から実施しておりました定期点検作業が、11 月 1 日 11 時 00 分 にすべて終了しましたことをご連絡いたします。 ご協力ありがとうございました。 当センターのサービスを日頃ご利用くださり、ありがとうございます。 下記の日程にて、HGC の計算機システム SHIROKANE の定期点検を行います。定期点検の期間は、すべてのサービスを停止します。 定期点検の日程: 10 月 29 日 (火) 9:00 ～ 11 月 1...
ヒトゲノム解析センターでは、ARM64 アーキテクチャの CPU を搭載するサーバとして計算ノード Arm を導入しています。計算ノード Arm は、SHIROKANE の主要な計算ノードである計算ノード Thin よりも 1 ノードあたりのコア数が多いというメリットがある一方、利用可能なソフトウェア数は計算ノード Thin に劣ります。今回は計算ノード Arm の利用環境を計算ノード Thin に近づけることを目的に、Box64 を利用して計算ノード Arm で利用可能なソフトウェア数を増やす取り組みを行いました。 Box64 Box64 とは、主に ARM64 システム上で x86_64 バイナリを実行するためのエミュレータです。x86_64 命令を ARM64 命令へ変換する機能や、ARM64 のライブラリを x86_64...
日頃から SHIROKANE をご利用いただき、ありがとうございます。SHIROKANE が接続している SINET6 のメンテナンスのため、SHIROKANE とインターネット間の通信が停止します。以下の時間帯で 15 分程度の通信断が 2 回発生します。 2024 年 6 月 22 日 (土) 午前 4:30 – 6:00 通信停止中は、インターネットから SHIROKANE にログインできません。インターネットと通信しない AGE ジョブへの影響はありません。 以上、ご迷惑をお掛けしますが、ログイン時刻の調整をお願いいたします。
5 月 20 日 10 時 00 分 から実施しておりました臨時メンテナンスは 5 月 20 日 12 時 00 分に終了いたしました。 ご協力ありがとうございました。 当センターのサービスを日頃ご利用くださり、ありがとうございます。 下記の日程で SHIROKANE の NoMachine Terminal Server および sutil.hgc.jp を停止します。 5 月 20 日 (月) 10:00...
4 月 12 日 18 時 00 分 から実施しておりました臨時メンテナンスは 4 月 12 日 18 時 50 分に終了いたしました。 ご協力ありがとうございました。 当センターのサービスを日頃ご利用くださり、ありがとうございます。 下記の日程で SHIROKANE の NoMachine Terminal Server の臨時メンテナンスのため snx1.hgc.jp を停止します。 2024 年 4 月 12 日...
ヒトゲノム解析センターは 4 月 1 日に新しい解析基盤である Shirokane7 を稼働し、運用を開始しました。5 年間にわたり運用してきた Shirokane5 の多くの計算サーバは役目を終え、SHIROKANE は主に Shirokane6 と Shirokane7 の構成で運用していきます。 本日は期待の高まる Shirokane7 の特徴とともに、普段から SHIROKANE を支えるサポート係の稼働に向けた様子をご紹介します。 Shirokane7 を稼働しました Shirokane7 の主要な計算ノード (計算ノード Thin) は、最新世代の AMD CPU を採用しており、Shirokane5 と比較すると バイオツールの実行時間が約 30 〜...
